โรงเรียนศรีอยุธยา ในพระอุปถัมภ์ฯ เปิดการจัดการเรียนร่วม ตั้งแต่ปีการศึกษา 2545 โรงเรียนมุ่งมั่นพัฒนาการบริหารจัดการเรียนรวมของโรงเรียนมาโดยลําดับ
- ปีการศึกษา 2546-2548 บุคลากรเป็นตัวแทนคุณครู ประเทศไทย เข้าอบรมหลักสูตรวิทยากรแกนนําการผลิตสื่อวิทย์-คณิต สําหรับนักเรียนพิการทางสายตาของประเทศกลุ่มอาเซียน จัดโดย ONET สหรัฐอเมริกา
- ปีการศึกษา 2548 เป็นโรงเรียนแกนนําจัดการเรียนร่วม ของสํานักงานเขตพื้นที่การศึกษากรุงเทพมหานคร เขต 1
- ปีการศึกษา 2550 สมเด็จพระเจ้าภคินีเธอ เจ้าฟ้าเพชรรัตนราช สุดา สิริโสภาพัณณวดี องค์อุปถัมภ์โรงเรียน พระราชทานเงินทุนจํานวน 100,000 บาท จัดตั้งกองทุนเพชรรัตน เพื่อนักเรียนเรียนร่วม เนื่องจาก นักเรียนเรียนร่วมชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 รุ่นแรกทั้งหมด สามารถสอบผ่าน การคัดเลือกเข้าศึกษาต่อในระดับอุดมศึกษา
- ปีการศึกษา 2551 โรงเรียนได้รับโล่ประกาศเกียรติคุณเป็น โรงเรียนแกนนําจัดการเรียนร่วมที่ประสบความสําเร็จด้านการบริหารจัดการเรียนร่วมเป็นอย่างดีของศูนย์การศึกษาพิเศษ ส่วนกลาง ร่วมกับสํานักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน บุคลากรได้รับคัดเลือก เป็นบุคคลต้นแบบ สาขาครูผู้ผลิตสื่อการสอนสําหรับนักเรียนที่มีความบกพร่องทางการเห็น จากหนังสือพิมพ์พัฒนาเศรษฐกิจ
- ปีการศึกษา 2553 โรงเรียนให้ตําแหน่งเพื่อบรรจุครูการศึกษาพิเศษประจําศูนย์การจัดการเรียนร่วมของโรงเรียน
- ปีการศึกษา 2554 โรงเรียนได้รับคัดเลือกเป็นโรงเรียนที่มี Best Practice ด้านการบริหารจัดการเรียนร่วมดีเด่น นําเสนอผลงานด้านการบริหารจัดการเรียนร่วม ณ งานประชุมทางวิชาการเสนอผลงาน (Symposium) ระดับภาคกลางและภาคตะวันออก ของสํานักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน
- ปีการศึกษา 2555 โรงเรียนเป็นโรงเรียนต้นแบบการจัดการเรียนรวมและศูนย์บริการทางการศึกษาพิเศษ (SSS) ของสํานักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน
- ปีการศึกษา 2552-2556 นำนักเรียนเข้าร่วมงานศิลปหัตถกรรมนักเรียนทั้งในระดับเขตพื้นที่การศึกษา ระดับภาคและระดับชาติ
- ปีการศึกษา 2557 - ปัจจุบัน โรงเรียนศรีอยุธยา ในพระอุปถัมภ์ฯ ยังคงมุ่งมั่นพัฒนาผู้เรียน ให้เป็นมนุษย์ที่สมบูรณ์ สามารถอยู่ร่วมกับผู้อื่นได้อย่างมีความสุข