โรงเรียนศรีอยุธยา ในพระอุปถัมภ์ ฯ ได้จัดให้มีการเรียนการสอนภาษาญี่ปุ่น ทั้งในระดับมัธยมศึกษาตอนต้น 

และ ตอนปลาย  ดังนี้

• มัธยมศึกษาตอนต้น

       จัดให้เรียนในห้องเรียนนำรอ่งภาษาญี่ปุ่น โดย1 ภาคเรียน จัดให้ เรียนวิชาภาษาญี่ปุ่น 2 รายวิชา วิชาละ 2 คาบ 

• มัธยมศึกษาตอนปลาย 

          * กลุ่มแผนการเรียนภาษาอังกฤษ - ภาษาญี่ปุ่น 

             โดยเริ่มมีแผนการเรียนภาษาอังกฤษ-ภาษาญี่ปุ่น ตั้งแต่ปีการศึกษา 2545

                          1 ภาคเรียน จัดให้เรียน ภาษาญี่ปุ่น 2 รายวิชา รวม 7 คาบ/สัปดาห์ (5 คาบ 1 รายวิชา และ 2 คาบ 1 รายวิชา)

         * กลุ่มแผนการเรียนคณิตศาสตร์ - ภาษาอังกฤษ-พาณิชยกรรม และ คณิตศาสตร์ - ภาษาอังกฤษ-ศิลปกรรม

                         1 ภาคเรียน จัดให้เรียน ภาษาญี่ปุ่น 1 รายวิชา รวม 2 คาบ/สัปดาห์ 

        * กลุ่มแผนการเรียนคณิตศาสตร์ - ภาษาอังกฤษ-เลือกเรียนภาษาจีน หรือ ภาษาญี่ปุ่น

                         1 ภาคเรียน จัดให้เรียน ภาษาญี่ปุ่น 1 รายวิชา รวม 4 คาบ/สัปดาห์ 

โดยจัดกระบวนการเรียนการสอนที่เน้นให้ผู้เรียนมีส่วนร่วมและมี ปฏิสัมพันธ์กับกิจกรรมการเรียนรู้ผ่านการปฏิบัติที่หลากหลายรูปแบบ