netcdf v4では，圧縮がサポートされている. NCL, Grads, CDO, nccopy で圧縮を使うことができる．
ファイルがどう圧縮されているかの情報は，ncdump -h -s で見ることができる．
圧縮されたファイルは当然ながらｱｸｾｽが遅くなる．360x180のデータのcontourを描くのに圧縮ファイルは7.1秒，非圧縮ファイルは1秒未満だった．この場合の圧縮率は約50%．
圧縮データへのアクセスの速度にはchunksizeが重要らしく，gradsではchunksizeを512 kB程度とすることを勧めている．chunksizeが大きすぎるほうが，小さいよりも外があるらしい．