【著書】
・小林卓也（単著）, 『ドゥルーズの自然哲学：断絶と変遷』, 法政大学出版局, 2019年6月
・小林卓也（共著）, 『ドゥルーズの２１世紀』, 河出書房新社, 2019年1月.
（共著者：宇野邦一、小倉拓也、合田正人、江川隆男、アンヌ・ソヴァニャルグ、小林卓也、國分功一郎、西川耕平、山森裕毅、小泉義之、堀千晶、千葉雅也、檜垣立哉、岡嶋隆佑、宇佐美達朗、堀江郁智、ダニエル・Ｗ・スミス、宮崎裕助、近藤和敬。担当部門：「『差異と反復』におけるトリガーとしての問いの存在論」pp. 121-140.）
・小林卓也（共著）, 『ドゥルーズ 没後20年 新たなる転回』, 河出書房新社, 2015年10月.
（共著者：小泉義之、宇野邦一、江川隆男、笙野頼子、荻世いをら、檜垣立哉、近藤和敬、アンヌ・ソヴァニャルグ、フランソワ・ズーラビシヴィリ、ジャン＝クリストフ・ゴダール、ペテル＝パル・ペルバルト、ローラ＝Ｕ．マークス、ブライアン・マッスミ、パトリック・ロレッド、李珍景、廣瀬純、山下雄大、黒木秀房、小林卓也、岡嶋隆佑、小谷弥生、朝倉友海、井上一紀、村澤真保呂、山森裕毅、松本潤一郎、村澤真保呂、小倉拓也、築地正明、箱田徹、大山載吉、堀千晶。担当部門：（ブックガイド）ジル・ドゥルーズ『カントの批判哲学』pp. 206-207、『無人島とその他のテクスト 1953-1974』pp. 245-246、『狂人の二つの体制 1975-1995』pp. 247-248.）
【論文】
・小林卓也, 「『ドゥルーズの自然哲学：断絶と変遷』合評会コメントへの応答」, 『hyphen（ハイフン）』第5号, 2020年9月, pp. 53-59.
・小林卓也, 「抵抗なき逃走は連帯をなすか――欲望と政治の在処について」, 『福音と世界』第75巻7号所収, 新教出版局, 2020年7月, pp. 30-35.
・小林卓也, 「自然哲学から見た人間と自然の共生」, 季刊誌『生産と技術』第72巻, 第2号所収, 一般社団法人生産技術振興会, 2020年4月, pp. 44-46.
・小林卓也, 「人新世、気候変動、思想の終わり」, 『現代思想 特集｜現代思想の総展望2020』第四十八巻第一号所収, 青土社, 2020年1月, pp. 175-184.
・小林卓也, 「ドゥルーズの自然哲学序説」, 『フランス哲学・思想研究』第22号所収, 日仏哲学会, 2017年9月, pp. 160-170.（査読あり）
・小林卓也, 「自然主義、問われるべき人間存在―ドゥルーズ自然哲学をめぐる問題圏」, 『hyphen』第1号所収, DG-Lab（ドゥルーズ・ガタリ・ラボラトリ）, 2016年, pp. 35-38.
・KOBAYASHI Takuya, "What is the Real Experience? Bergsonism and Post-Kantianism", 『ドゥルーズ哲学思想研究報告書』, 2014年度‐2018年度科学研究費助成事業 基盤研究(B) 課題番号26284004, 大阪大学国際共同研究推進プログラム「生命と社会システム」研究代表者：檜垣立哉), 所収, 2015年3月, pp.14-22.
・小林卓也, 「ドゥルーズ哲学と言語の問題——『千のプラトー』におけるイェルムスレウ言語学の意義と射程」, 『京都産業大学論集 人文科学系列』第46号所収, 京都産業大学, 2013年3月, pp.181-194. （査読あり）
・小林卓也, 「ドゥルーズ『意味の論理学』におけるエピクロス派解釈について」, 『フランス哲学・思想研究 』第17号所収, 日仏哲学会, 2012年9月, pp.151-160. （査読あり）
・小林卓也, 「（研究ノート）言語の座——ソシュール言語学における言語の理論的役割について」, 『年報人間科学』第32号所収, 大阪大学大学院人間科学研究科, 2011年, pp.173-188. （査読あり）
・小林卓也, 「ドゥルーズにおける構造主義再考」, 『年報人間科学』第29号所収, 大阪大学大学院人間科学研究科, 2008年, pp.21-37. （査読あり）
【学位論文】
・小林卓也, 「ドゥルーズ哲学における思想的断絶と変遷――自然の問題を中心に――」（大阪大学, 「人間科学」（博士）, 第26827号）
・小林卓也, 「ドゥルーズにおける記号概念について」（大阪大学,「人間科学」（修士）, 第968号）
【Misc】
・（教科書）『フランス語で読む哲学22選ーモンテーニュからデリダまでー』「8. Gilles Deleuze, Félix Guattari, Qu'est-ce que la philosophie? (1991) 」, 朝日出版社, 2021年1月, pp. 18-19.
・（書評）小倉拓也『カオスに抗する闘い ドゥルーズ・精神分析・現象学』（人文書院）, 『フランス哲学・思想研究』第24号所収, 日仏哲学会, 2019年, pp. 255-258.
・（書評）佐藤嘉幸、廣瀬純『三つの革命 ドゥルーズ＝ガタリの政治哲学』（講談社選書メチエ）, 『週間読書人』第3229号, 2018年.
・（翻訳）ジル・ドゥルーズ『ベルクソニズム〈新訳〉』（檜垣立哉との共訳）, 法政大学出版局, 2017年.
・（書評）植原 亮『自然主義入門 知識・道徳・人間本性をめぐる現代哲学ツアー』（勁草書房）, 『週間読書人』第3208号, 2017年.
・（翻訳）ジャン＝クリストフ・ゴダール「1960年という瞬時におけるドゥルーズ――思考のあらたなイマージュ？」, 『ドゥルーズ 没後20年 新たなる転回』所収, 河出書房新社, 2015年, pp.80-93.
・（翻訳）ジョン・R・サール『意識の神秘―生物学的自然主義からの挑戦』（菅野盾樹他との共訳, 第七章, 結論担当）, 新曜社, 2015年.
・（書評）江川隆男『超人の倫理〈哲学すること〉入門』, 『フランス哲学・思想研究』第19号所収, 日仏哲学会, 2014年, pp.226-230.
・（研究ノート）「言語の座―ソシュール言語学における言語の理論的役割について」,『年報人間科学』第32号, 大阪大学大学院人間科学研究科, 2011年, pp. 173-188
・（翻訳）エティエンヌ・バンブネ「「人間は理性的動物ではない」メルロ=ポンティと人間学的差異の問題」, 『年報人間科学』第31号所収, 2010年, pp.49-63.
・（翻訳）エリー・デューリング「アンリ・ベルクソンからジル・ドゥルーズへの三つの手紙」, 『現代思想 特集ドゥルーズ』第36巻15号所収, 青土社, 2008年, pp.163-175.
・（書評）「James Williams, gilles deleuze's difference and repetition--a critical introduction and guide」, 『年報人間科学』第26号, 2005年, pp.289-294.
【講演・口頭発表等】
・「近藤和敬『ドゥルーズとガタリの『哲学とは何か』を精読する：〈内在〉の哲学試論』（講談社選書メチエ, 2020年）合評会コメント」（於：大阪大学人間科学研究科共生学系・共生の人間学分野主催、2020年9月28日）
・「脱人間主義から非人間主義へ：ドゥルーズの自然哲学概説」（一般教育等特別講演会 小林卓也氏『ドゥルーズの自然哲学』講演会、於：金沢芸術工芸大学 、2020年1月30日）
・「小林卓也著『ドゥルーズの自然哲学』合評会」（於：大阪大学人間科学研究科共生学系・共生の人間学分野主催、2019年9月4日）
・"Ontology of the Question:Fundamental Motive in Difference and Repetition" （「問いの存在論：『差異と反復』の根本動機について）, 10th International Deleuze Studies Conference and Camp, in Toronto, 2017.
・"How Does Cinema Restore our Belief in the World? : The Appearance of Ethics in The Time-Image" （「どのようにして映画は、世界への信仰をわれわれに再び与えるのか」―『時間イマージュ』における倫理の発現」、阪大人科＆ルーヴァンカトリック大哲学科大学院ワークショップ、於・大阪大学人間科学研究科、 2014年11月6日）
・"What is the Real Experience? Bergsonism and Post-Kantianism", The 2nd International Deleuze Studies in Asia Conference 2014 Osaka/Japan, 7 June, 2014.（「実在的経験とは何か？ーベルクソン哲学とポスト・カント主義」、第２回ドゥルーズ・スタディーズ・アジア国際学会、於：大阪大学・豊中キャンパス、2014年6月7日）
・"Deleuze’s Philosophy and Problems of Language On the Meaning and Extent of Hjelmslev’s Linguistics in A Thousand Plateaus", THE 11TH WORLD CONGRESS OF THE INTERNATIONAL ASSOCIATION FOR SEMIOTIC STUDIES, 2012. (「ドゥルーズ哲学と言語の問題―『千のプラトー』におけるイェルムスレウ言語学の意義と射程」、第11回国際記号学会 2012年10月7日）
・"The Aesthetics of Nature in Deleuze’s Philosophy", 5th International Deleuze Studies Conference, 2012.（「ドゥルーズ哲学における自然の感性論」、第五回ドゥルーズ研究国際学会 2012年6月17日）
・「超越論的経験論とは何か ———前期ドゥルーズにおける「人間的自然」をめぐって」（日本哲学会 2012年5月12日 於：大阪大学）
・「自然と言語 ——— 前期ドゥルーズにおける言語概念について」（日仏哲学会 2011年9月11日 於：大阪大学）
・「前期ドゥルーズにおける発生の問題 ———なぜ動的発生は必要とされるのか」（日本哲学会 2010年5月）
・"Réorganiser la Nature par Schizophrénie: Esquisse du passage de L’Anti-Œdipe à Mille Plateaux", Erasmus Mundus Europhilosophie, 2e Colloque international à Osaka.（「統合失調症によって自然を組織化しなおす：『アンチ・オイディプス』から『千のプラトー』への移行についての粗描」、エラスムス・ムンドゥス・ユーロフィロゾフィー、第二回国際シンポジウム 2010年4月15日 於：大阪大学）
・「翻訳を自然化する―ウィトゲンシュタイン、スペルベル、トマセロ」（翻訳論研究会講演会（日本記号学会研究プロジェクト) 2011年3月12日 於：大阪大学）
・「現代フランスにおけるソシュールの再評価に関する一考察」（日本記号学会 2008年5月）