Santorini es, en esencia, lo que queda de una enorme explosión volcánica que destruyó los primeros asentamientos existentes, haciendo desaparecer gran parte del territorio de la antigua isla y provocando la creación de la caldera geológica actual. Su espectacular belleza, junto con una animada vida nocturna, la han convertido en uno de los principales destinos turísticos de Europa. Sus construcciones tienen un aspecto oriental, con casas blancas y marcos de ventanas y puertas en azul, como se pueden encontrar en las costas de Marruecos o Túnez. Por otra parte, también se han formulado reproches contra el carácter desordenado y excesivo de su desarrollo urbanístico reciente.

Una gigantesca laguna central, más o menos ovalada, de unos 12 km de longitud y 7 km de anchura, está rodeada por tres lados por altos acantilados de unos 300 metros de altura. Las pendientes de la isla descienden desde lo alto del acantilado hasta el circundante mar Egeo. En el cuarto lado, la laguna está separada del mar por una isla mucho más pequeña llamada Thirasia;¹ la laguna se une al mar por dos sitios, al noroeste y al sudoeste. Las aguas en el centro de la laguna tienen una profundidad de unos 400 metros (Nisís Néa Kaméni, "Nueva Isla Kameni"² ), haciendo así posible la navegación de todo tipo de buques. Los puertos de la isla están todos en la laguna, y la capital, Fira, cuelga de lo alto del acantilado, sobre la ladera que desciende hasta la laguna.

Es el centro volcánico más activo del arco volcánico del sur del Egeo, si bien lo que hoy en día queda es realmente una caldera inundada. En la isla tuvo lugar una de las mayores erupciones volcánicas de la prehistoria reciente, la cual ocurrió hace aproximadamente 3500 años. Investigaciones recientes sitúan tal fecha en el año 1627 a. C. La erupción dejó una enorme caldera rodeada por depósitos de ceniza volcánica y, según algunas teorías, pudo haber causado indirectamente el colapso de lacivilización Minoica de la isla de Creta, situada 110 km al sur, causando un gigantesco maremoto. Otra teoría sostiene que la erupción de Thera podría ser la inspiración principal de la leyenda de la Atlántida.

Su punto culminante es el Profitis Illas (Profeta Elías), de 550 m. Se trata de un pequeño volcán con una pequeña caldera.

Entre el 1628 y el 1627 a. C., la erupción del volcán terminó con una gigantesca explosión de caldera, del mismo tipo que la mucho más estudiada de Krakatoa (Indonesia) de 1883. Como efecto de la explosión la isla perdió buena parte de su superficie, y se puso en marcha un maremoto que asoló el Mediterráneo Oriental, provocando, entre otros efectos, una grave crisis de la civilización minoica de Creta. Parece que la población encontró tiempo suficiente para evacuar la isla, llevándose muchos de sus bienes muebles. Marinatos popularizó la idea de que la explosión prehistórica de Tera-Santorini está en el origen del mito de la Atlántida y del Mito del Éxodo.⁶

La explosión fue muy intensa y la emisión de polvo oscureció la atmósfera lo suficiente como para que el hecho fuera observado en China. El enfriamiento del tiempo ha quedado registrado en anillos de los árboles incluso en Canadá. En Egipto, jeroglíficos datados de ese periodo muestran que la nube lo asoló. Este fenómeno duró nueve días en Egipto, medio día en China y se estima que una hora en la Antártida.

Santorini es uno de los cinco volcanes elegidos por la Unión Europea para centrar un proyecto de estudio vulcanológico, y también uno de los de la lista de los Decade Volcanoes (‘«volcanes de la década»’), un proyecto internacional sobre investigación de riesgos volcánicos. El volcán sigue activo y ha presenciado erupciones, esencialmente efusivas (no explosivas), desde la gran erupción prehistórica.

Ubicación de Santorini en Grecia

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