方舟團契成立前,名為仁和教會壘球隊,球隊草創時主要是為參加由東寧教會設教三十週年慶(主後1997年)所發起舉辦的台南中會第一小區壘球邀請賽,當年林文哲牧師邀請教會社青一同參加,雖未獲得獎次,卻促成教會社青交誼的起源。同年再參加台南中會長執聯誼會(由天橋教會主辦)的壘球賽,首次參加就獲得第四名的佳績。隔年(1998年)主辦台南中會長執聯誼會壘球賽,後續也加入台南中會壘球小聯盟(聯盟成員有海佃、中洲、新和、中華路、大同、仁和共六間教會),持續練習壘球及交誼,後因多位隊員投入教會事工及個人忙碌等因素,漸漸退出壘球小聯盟,當時林文哲牧師擔心這群教會社青因壘球隊解散,致使球員也跟著解散,於是向小會提議成立方舟團契,讓這群參加松年團契顯得太年輕,參加青少年團契又覺得太老的社青,有屬於自己的團契且有歸屬感,同時也能辦理教會聯誼活動的團契,於是在主後一九九九年一月廿四日成立方舟團契,選出林燦慧兄(今改名林家鋐)擔任首屆會長,戴振皙兄為副會長,並邀請趙登道長老為團契顧問。
2012年組織:
會長:李貴蘭 副會長:李仲亨 靈修:穆寬騰 書記:穆世益 會計:陳桂芳 出納:劉素娟
同工群:吳權煌、宜祺沃、卓崇欽、穆寬哲、買素霞、黃幸如、陳聰馨、鄭玉潤
關懷長老:
2012年事工計劃:
1. 配合教會事工。
2. 積極邀請新契友參加團契活動。
3. 不定期探訪契友。
4. 不定期安排家庭聚會。
5. 定期聚會。每月第三禮拜(日)晚上7:00~8:30。
6. 舉辦二次慶生聯誼。
7. 二月27日~28日與婦女團契舉辦同工生活營。
8. 五月13日母親節中餐事奉&協助青年辦理母親節活動。
9. 六月10日事奉主日。
10.七月配合主日學夏季學校。
11.八月19日年會改選。
12.九月中秋烤肉。
13.十月協助松年團契舉辦秋季旅遊。
14.十月開始佈置聖誕節及整理中庭。
15. 配合教會慶祝聖誕節活動。