Después de que los humanos de la colonia de San Francisco pidiesen ayuda a una base militar en el norte durante el ataque de Koba en Dawn of the Planet of the Apes, el clan de simios dirigido por César, es atacado en el bosque por la facción militar Alfa-Omega, compuesta por militares de las fuerzas especiales, a la que se han aliado algunos simios que en su día apoyaron a Koba, el simio que intentó dar un "golpe de estado" contra César. Los simios tienden una emboscada a la unidad militar, tomando algunos prisioneros, incluido el gorila "Rojo". Aunque César decide hacer planes para trasladar al clan a través del desierto, para no sufrir más bajas, esa noche son atacados por un comando militar liderado por el Coronel, que mata a la esposa de César, Cornelia, y a su hijo mayor, Ojos Azules. Durante la lucha, un gorila albino llamado Winter traiciona a César, y escapa para luchar con Alpha-Omega.
Dejando solo vivo su hijo menor, Cornelius; César parte para vengarse del Coronel, acompañado el orangután Maurice, el chimpancé Rocket y el gorila Luca, mientras que los otros simios se dirigen al desierto. Este les revela que había estado viviendo en un zoológico antes de la pandemia de gripe simia. Simio Malo les guía hasta una instalación militar que se convirtió en una zona de cuarentena durante la pandemia, y que actualmente es el cuartel general de Alfa-Omega.
Cuando el grupo llega hasta la instalación, Luca es asesinado por los paramilitares mientras protegía a César, el cual es capturado por el gorila llamado Rojo, tras presenciar cómo los simios prisioneros trabajan en condiciones de esclavitud, sin agua o comida, construyendo un muro. También le dice que se está protegiendo de otras facciones militares que quieren derrocarle, ya que él está a favor de matar a todos los seres humanos infectados (incluyendo a su propio hijo) a fin de evitar la propagación del virus.
La base es atacada por las facciones militares que quieren matar al coronel. César encuentra al coronel en su despacho y descubre que ha sucumbido al virus y está empezando a mostrar signos de comportamiento primitivo. César, Nova y los otros simios, sobreviven escalando unos árboles cercanos.
Los simios salen de la instalación y cruzan el desierto para encontrar un oasis paradisiaco. Mientras los otros simios celebran haber encontrado su nuevo hogar, Maurice descubre la herida de César y habla dejando a César al saber que Cornelius sabrá en lo que su padre creyó y luchó. César muere silenciosamente, y Maurice duerme a su paso, vigilando a los otros simios.