สำนักงานเลขานุการกรม
กองการเงินและบัญชี
สำนักกฎหมายและที่ดิน
กองแผนงาน
กองพัสดุ
ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
สำนักเครื่องจักรกล
สำนักบริหารโครงการ
สำนักบริหารทรัพยากรบุคคล
สำนักวิจัยและพัฒนา
สำนักสำรวจด้านวิศวกรรมและธรณีวิทยา
สำนักออกแบบวิศวกรรมและสถาปัตยกรรม
สำนักบริหารจัดการน้ำและอุทกวิทยา
สำนักพัฒนาแหล่งน้ำขนาดใหญ่
สำนักงานจัดรูปที่ดินกลาง
กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
กลุ่มตรวจสอบภายใน
กองประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ
สถาบันพัฒนาการชลประทาน
กองส่งเสริมการมีส่วนรวมของประชาชน
กองพัฒนาแหล่งน้ำขนาดกลาง
สำนักงานชลประทานที่ 1
สำนักงานชลประทานที่ 2
สำนักงานชลประทานที่ 3
สำนักงานชลประทานที่ 4
สำนักงานชลประทานที่ 5
สำนักงานชลประทานที่ 6
สำนักงานชลประทานที่ 7
สำนักงานชลประทานที่ 8
สำนักงานชลประทานที่ 9
สำนักงานชลประทานที่ 10
สำนักงานชลประทานที่ 11
สำนักงานชลประทานที่ 12
สำนักงานชลประทานที่ 13
สำนักงานชลประทานที่ 14
สำนักงานชลประทานที่ 15
สำนักงานชลประทานที่ 16
สำนักงานชลประทานที่ 17