本館成立於1879年9月14日[2]，由馬偕牧師主持，此處也曾是他的住所。該館在1911年為擴充規模，由淡水遷至台北，並更名為馬偕紀念醫院。但為了新院區改建時之需要，仍然在淡水另擇新地安置病患，即今日的淡水院區。[3]
滬尾偕醫館的建築樣式中西合併，外觀是閩南風格的平房，但窗戶卻是西式的圓拱窗，內部目前仍留有當時行醫的手術台、藥瓶等。目前滬尾偕醫館是一家咖啡館[4]。
滬尾偕醫館位於台灣淡水區馬偕街上，鄰近淡水禮拜堂。
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