研究tips

人によっては役に立つデータ解析や論文執筆を始めとした、様々な情報 ※基本的には自分への備忘録

論文執筆

論文投稿先:

自分が投稿しうるジャーナルのリスト。順次更新。

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1tNzj1UMuvO9vShVRI0QanOSFvRSSd8Q5cm1ndOqWjYg/edit?usp=sharing


査読にかかる時間:

各ジャーナルの査読などにかかった時間の報告サイト。これまでの自分のものはすべて報告済み。

https://scirev.org/ 


日本語の文章:

日本語がおかしいところがないかチェックする用。

https://sites.google.com/site/nobuakimizumoto/informationjp/japanesechack


プレプリント:

日本国内ジャーナルの著作権ポリシーhttp://scpj.tulips.tsukuba.ac.jp/

国際誌の著作権ポリシーhttp://www.sherpa.ac.uk/romeo/index.php


英文校閲:

基本的に校閲者に依存する部分が多いと思うため、コメントは参考程度

エナゴ 円支払、11円/単語、3日間、初回割引あり、でやってもらった。プランが多くて納期を1-12日くらいで選べた。redundantというところをがっつり削る感じ。関係詞や分詞構文が多用されて、一文がものすごく長くなったのが自分の感覚とは合わなかった。wasa(was)のタイポがあったのが気になった。

Scribendi ドル支払、0.03ドル/単語、1日間、でやってもらった。ものすごく改行が増やされた点が納得できなかったが、とにかく安かった。

Textcheck ドル支払、8円/単語、4-6日、でやってもらった（3回）。文の構造は大きく変えずに、提出時のものを残しつつtextをcheckするというイメージ。直しは多いが、もとの文章とは構造が大きく変わらないものがもどってくる。12円/単語で約倍速のプランもあり。

Rujuke まだ使ったことないけど、いいらしいので、メモ。


ジャーナル検索ツール:

Title と Abstract を入れれば、投稿するのにおすすめのジャーナルを出してくれる。投稿するかはともかく、使ってみるとおもしろい。

ELSEVIERのページ （ELSEVIERのジャーナルしか出てこない）

edanzのページ


データ解析

R:

研究上のほとんどすべてのデータ解析や、モデルの数値計算、シミュレーションの一部は、Rを使って行っている。そのよく使う関数のリスト。コメントはあまり詳しくありません。順次更新。

https://sites.google.com/site/nobuakimizumoto/informationjp/rtips


サクラエディタの改行コード

https://marusunrise2.blogspot.com/2014/06/lfcrcrlf.html 


RStudio + Github memo

https://qiita.com/zakkiiii/items/2ef92c8dd5d174a9ceed

https://qiita.com/jesus_isao/items/63557eba36819faa4ad9

https://wet-to-dry.hatenablog.com/entry/Github-on-Rstudio

https://plaza.umin.ac.jp/shoei05/wp/index.php/2020/10/25/165/



動画解析

解像度メモ (resolution memo):

4k: 16:9, 3840x2160, 8.3MP (=8.3megapixel, 829万4400画素)

1080p: 16:9, 1920×1080, 2.1MP (= 2.1 megapixel, 207万3600画素) (=フルハイビジョン)

720p: 16:9, 1280×720, 1MP (92万1600画素)

600p: 4:3, 800x600

480p: 4:3, 640x480


トラッキング:

UMATracker 友人が作成したトラッキングソフト。複数個体同時でトラッキングもできるし、1個体だけでも使いやすい。無料かつ優秀。

使用した研究

Mizumoto and Dobata (2019) https://doi.org/10.1101/340919


動画撮影:

CCI-Pro Webカメラから動画ファイルを取り込む際に便利

使用した研究

Mizumoto and Dobata (2019) https://doi.org/10.1101/340919

Mizumoto (2018) 10.1007/s10015-018-0474-6


動画編集:

Windows Movie Maker以上のことがやりたいときには、AviUtlを使ってます。いろんなことができるようですが、複数の動画を同時に再生、トリミングなどにしか使っていません。ネットで調べれば大体使い方は分かるけど、とりあえず自分が使う機能の分だけ備忘録にやりかたを列挙。

環境設定

操作方法

最初に、設定 → 拡張編集の設定 を選択しておく。基本的には拡張編集の画面から操作。動画ファイルもここにドラッグアンドドロップで挿入するし、ここを右クリックすることで、文字なども挿入できる。

また、拡張編集の画面の項目を選択すると、描画設定の画面が出てくる。その右上の+マークを押すとトリミングなど編集可能。


動画変換:

主に拡張子の変更と容量を抑える方法について

おそらくいろんな方法があるが、容量をとにかく抑えたいならばビットレートを下げるとよい（画質も下がるのでそこは必要に応じて）。ffmpeg と バッチ処理を使うのが、大量に変換するなら自分にとって一番手軽ぽい。以下のコードを書いた.batファイルを作成して、普通にダブルクリックで走らせれば、そのディレクトリ以下の動画が全部自動で変換。

ただしコーデックのためにx264を導入する必要があるが、上記の AviUtl の処理をこなしていればそれでOK（もちろんほかのコーデックするならいらない）。リネーム関連も頑張ろうと思ったけど、cmd の仕様がめんどくさかったからとりあえず放置(環境変数の即時展開で頭が追い付かなかった)。ffmpeg 部分を cmd に貼り付ければ、1ファイルずつも可能。

                 rem このbatファイルを置いた場所以下のディレクトリの動画ファイルを圧縮

                 rem 拡張子指定してから使う

                  for /r %%i in (*wmv) do (

                     echo %%i

                     ffmpeg -i %%i -c:v libx264 -b:v 100k -threads 4 -s 640x480 %%i.mp4

                 )

                 pause

                  rem -c:v コーデックの方法

                 rem -b:v 映像ビットレートの指定

                 rem -s 映像解像度

             

また Any Video Converter も便利。ffmpeg だと一部のファイル（容量が大きいもの？）がうまく変換できなかったが、それもこっちならできた。また速度も速かった。ただし、同じビットレートにしているのに、こっちの方が若干画質が落ちる気がする。


画像解析

ImageJ:

画像内の点の位置や線の長さなどを抽出するのに使用した。画像内に大量の矢印を描き、それぞれの長さ、中心点の位置、角度を求める方法を列挙。

使用した研究

Mizumoto et al. (2019)


Excel 長さ計測:

ImageJ を使うまでもなく単純な計測ならこっちの方が手軽。http://www.vector.co.jp/soft/win95/art/se312810.html

使用した研究

Mizumoto and Matsuura (2013) 10.1007/s00040-013-0319-1


Raspberry pi

Setup for timelasp imaging:

raspberry pi 4 ModelB 4GB RAM, camera module v2.1


Setup for Team Viewer

sudo raspi-config

change resolution setting



物品購入

リンク


PC操作など

PCの起動時刻・終了時刻を調べる:

※Windows10での操作方法

左下スタートを右クリック → コンピューターの管理 左ウィンドウのツリー階層から、イベントビューワー → Windowsログ → システムの順で開く。

起動: 6005 or 7001

終了: 6006 or 7002


日時を指定してファイルを検索:

作成日時:17/11/05..17/11/08 というふうに検索窓に入れればよい。


ScanSnap のエラー:

Windows10で、USBで接続しているにもかかわらず、ScanSnapが認識されない場合の対応方法。サポートセンターに電話したら教えてもらえたが、特にネット上に書いてなかったので書いておく。 エラーメッセージ: 「ScanSnapを使用することができませんでした。他のユーザーまたは他のアプリケーションがScanSnapを使用していないことを確認してから再度動作してください。」


Windows の shut down (timer):

cmd を使用

                 rem 6000 sec 後にシャットダウン

                 shutdown /s /t 6000

                 rem 6000 sec 後に restart

                 shutdown /r /t 6000             


Windows Backup の エラー (Windows 10):

Error code: 0x807800A1 and 0x800423F3 (Volume shadow copy error)

解決するのにかなり時間がかかったが、以下のサイトを参考にして成功

https://community.acer.com/en/discussion/comment/500305 

どうやら、EaseUS Todo BackupsをつかってSSDのcloningを行った場合に、Drive内のpartitionの名前がかなりおかしな名前に変更されることがあり、それが原因のよう。

まず、GPT fdisk をダウンロード (https://sourceforge.net/projects/gptfdisk/ )

その後、exeファイルを起動し、partitionの名前を変更

その際に使用するコード

0:   (activate the disk 0); i  (look into the information); c (change the name); w (save)

詳しくはhelpを参照


日本語が入力できない:

突然キーボードで日本語が入力できなくなった！

当然ながら入力モードが変わっちゃったとか、入力言語が変わっちゃったみたいな初歩的なミスではないときどうするか？

→IMEの強制再起動

tasklist /fi "imagename eq ctfmon.exe"

taskkill /pid 23852

※cmdは管理者権限で実行する必要あり


OpenCV install:

-Install OpenCV (https://github.com/opencv/opencv/releases)

  (5M: 4.3.0 6/24/2020)

-Copy a directory "opencv" to "C:"

  Add  the following to Path

C:\opencv\build\bin

C:\opencv\build\x64\vc15\bin

-Create new environmental variable

  name: OPENCV_DIR

  variable: C:\opencv\build


Visual StudioでのOpenCV使用:

Setting for each project


My PC spec:

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1dabtinCsakE-pJjVc-qa0yWhA8lEtd21ZVCRDVC7CSc/



その他

スカイプ英会話:

お手頃な価格で、日常的に英語を使える機会が得られて便利。

eigox: https://eigox.jp/

最近使っているサイト。1月当り3900円で20回レッスンが受けられる。

QQEnglish: https://qqenglish.jp/

昔使っていたサイト。料金設定が変わって使うのをやめた。カランレッスンが受けられるのがメリット。


Others

Wordle:

7/10/2020 Created from the titles and abstracts of my publication (1-21).

5/18/2019 Created from the titles and abstracts of my publication (1-13).