El instituto fue creado en 1846, ubicándose en el antiguo convento de las Clarisas, en la actual plaza Santa Clara. Hacia finales del siglo XIX y principios del XX, con el aumento del número de alumnos y el deterioro de las instalaciones, se decidió la construcción de un nuevo edificio. Entre 1912 y 1915 se construyó el nuevo instituto, inaugurándose el curso 1916-17.
La creación del Gabinete de Historia Natural fue consecuencia del Real Decreto de 12-1-1849 que pretendía fomentar las colecciones científicas en las universidades e institutos de España: “Todos los Catedráticos de Historia Natural, sus agregados y naturalistas preparadores, tendrán la obligación de recolectar, cada uno, por lo menos, los seres de sus respectivos ramos y en el radio de su distrito”.
Anteriormente, según el plan de estudios de 22 de octubre de 1845, no se contemplaba la existencia de Gabinetes de historia Natural, aunque sí la obligatoriedad de uno de Física y variadas muestras naturalistas: “una colección clasificada de mineralogía. Otra colección de zoología en la que existan al menos las principales especies, y láminas en que se representen los diferentes seres de la naturaleza, cuyo conocimiento convenga. Un jardín botánico y un herbario dispuesto metódicamente."
Los profesores de Ciencias Naturales estaban cualificados para la preparación de los especímenes. De hecho hasta 1851 había Cátedras de Taxidermia en universidades y en el Museo Nacional de Ciencias Naturales.
Aunque, a lo largo de los 170 años de historia y de las numerosas vicisitudes, se han perdido numerosos ejemplares se sigue conservando una magnífica colección que consta de más de 4000 especímenes. De los cuales hay 2603 expuestos y el resto está almacenado. Actualmente, el museo, consta de tres salas de exposición y una de trabajo. En las salas 1 y 2 podemos contemplar: 147 especies de aves; 43 de mamíferos; 11 de reptiles; 8 de peces naturalizados; 162 de moluscos de España; 360 de moluscos del Pacífico; 10 cráneos de mamíferos; 2 esqueletos humanos y 67 frascos de alcohol con diferentes especímenes, entre otros especímenes. En la sala 3, dedicada a la Geología, se exponen un total de 752 especies mineralógicas, dispuestas en 5 secciones: clasificación sistemática, minerales de España, minerales de Castelló, fluorescentes y ejemplares notables; 125 especies de fósiles y 35 tipos de rocas.
Distribuidas entre todas las salas se exponen: 52 láminas didácticas del siglo XIX; 16 cajas didácticas de finales del XIX i principios del XX; 71 modelos clásticos de anatomía del XIX; 638 diapositivas de cristal de finales del siglo XIX.
Además, procedentes de la antigua Cátedra de Agricultura, se exponen 18 modelos de arados del siglo XIX y 72 frascos con semillas también de la segundo mitad del siglo XIX.
Hay también expuesto material decimonónico de laboratorio: 3 microscopios; 1 micrótomo; cajas de preparaciones microscópicas; diversos frascos con reactivos e instrumental.
Razón de ser del Gabinete:
En mitad del siglo XIX la única forma de que los estudiantes viesen y estudiasen los diferentes seres vivos eran las colecciones, tanto de animales naturalizados o en alcohol, como de herbarios. Además de colecciones de minerales, r
ocas y fósiles. Y esto es lo que se hizo en el Instituto. Actualmente el departamento de Ciencias Naturales y los miembros del Grup Geoda, creador de la magnífica colección de minerales expuesta en la sala 3, nos dedicamos a restaurar, conservar y cuidar el rico patrimonio científico que alberga el Instituto. El Gabinete constituye un ejemplo de la historia de la ciencia.Algunos datos curiosos: Aunque la descripción de todos los especímenes del museo sería muy larga y está fuera del propósito de esta reseña, se pueden citar algunos datos curiosos.Curso 1858-59 siguiendo la normativa del Real Decreto el profesor de Física y Química regala al centro una colección de 50 minerales. Curso 1859-60 empiezan a adquirirse modelos y material para la Cátedra de Agricultura. Que continúa el curso 1860-61 con la adquisición de más material por valor de 6910 reales de vellón, destacando un rodillo desterronador Coskil valorado en 1887 r.v. y un carro de varas de una caballería por 1100 r.v. Destaca también la adquisición de un feto humano. El curso 1862-63 se adquiere el águila real por 311,60 reales de vellón, el buitre común por 312 r.v. y un canguro gris por 285 rv. Además se adquieren otros 37 especímenes de animales con un monto total de 5994,40 reales. Entre ellos, un colmillo de hipopótamo, de peso de 3 libras y 7 onzas (aproximadamente 1,5kg) a 99 r.v. la libra, con un coste de 344 r.v. Desaparecido hace mucho tiempo. Además de diversos ejemplares y colecciones donadas por el profesorado.
El curso 1866-67 se produce la donación de D. José Navarro, coronel de la media brigada de provinciales, de una colección de conchas procedentes de los mares de Filipinas.
En la década de 1880 se adquieren, en Francia, una serie de modelos anatómicos en papel maché del Dr. Auzoux. Muchos de los cuales todavía se conservan en buen estado.
Este proceso de compra y de aportaciones del profesorado continuará, algunos cursos más que otros, durante toda la historia del Instituto. Todavía continúa.