Articles 2019

ARTICLES

Lundi 13 mai 2019 8h30 à 12h30 :

Anouk Barberousse a Sarah Samadi

Cours : Introduction historique : de Darwin à la biologie évolutive du 21^ième siècle en passant par la théorie synthétique.

Axe de la Discussion : décrire vs expliquer l’histoire du vivant

1. Lenski RE, Ofria C, Pennock RT, Adami C. 2003. The evolutionary origin of complex features. Nature 423: 139-144.

2. Lax, G., Eglit, Y., Eme, L., Bertrand, E. M., Roger, A. J., & Simpson, A. G. (2018). Hemimastigophora is a novel supra-kingdom-level lineage of eukaryotes. Nature, 564(7736), 410.

3. Laland, K., Uller, T., Feldman, M., Sterelny, K., Müller, G. B., Moczek, A., ... & Strassmann, J. E. (2014). Does evolutionary theory need a rethink?. Nature, 514(7521), 161.

Lundi 13 mai 2019 de 14h à 18h :

Patrice David

Cours : Origine des variations

Axe de la Discussion : origine moléculaires des « innovations »

1. Bjedov I, Tenaillon O, Gérard B, Souza V, Denamur E, Radman M, Taddei F, Matic I. 2003. Stress-Induced Mutagenesis in Bacteria. Science 300: 1404-1409.

2. Eyre-Walker A, Keightley PD. 2007. The distribution of fitness effects of new mutations. Nature Reviews Genetics 8: 610-618.

3. Rutter MT, Shaw FH, Fenster CB. 2010. Spontaneous mutation parameters for Arabidopsis thaliana measured in the wild. Evolution 64: 1825-1835.

4. Sniegowski PD, Gerrish PJ, Johnson T, Shaver A. 2000. The evolution of mutation rates: separating causes from consequences. BioEssays 22: 1057-1066.

Mardi 14 mai 2019 de 8h30 à 12h30 :

Sarah Samadi

Cours : Sélection Naturelle ou « quand les dés sont pipés » : les différents modes de la SN, la difficulté à la mettre en évidence, interaction entre dérive et sélection …

Axe de la Discussion : qu'est-ce qu'un adaptation ?

1. Marsden, C. D., Ortega-Del Vecchyo, D., O’Brien, D. P., Taylor, J. F., Ramirez, O., Vilà, C., ... & Lohmueller, K. E. (2016). Bottlenecks and selective sweeps during domestication have increased deleterious genetic variation in dogs. Proceedings of the National Academy of Sciences, 113(1), 152-157.

2. van’t Hof, A. E., Campagne, P., Rigden, D. J., Yung, C. J., Lingley, J., Quail, M. A., ... & Saccheri, I. J. (2016). The industrial melanism mutation in British peppered moths is a transposable element. Nature, 534(7605), 102.

3. He, T., Belcher, C. M., Lamont, B. B., & Lim, S. L. (2016). A 350‐million‐year legacy of fire adaptation among conifers. Journal of Ecology, 104(2), 352-363.

Mardi 14 mai 2019 de de 14h à 18h :

Patrice David

Cours : Quand les règles du jeu changent : effet de la variabilité spatiale et temporelle de l’environnement physique et biotique sur l’évolution des organismes

Axe de la Discussion : explication évolutive de la plasticité phénotypique, comment les changements globaux affectent la sélection ?

1. Etterson, J. R., & Shaw, R. G. (2001). Constraint to adaptive evolution in response to global warming. Science, 294(5540), 151-154.

2. Lind, M. I., Yarlett, K., Reger, J., Carter, M. J., & Beckerman, A. P. (2015, October). The alignment between phenotypic plasticity, the major axis of genetic variation and the response to selection. In Proc. R. Soc. B (Vol. 282, No. 1816, p. 20151651). The Royal Society.

3. Luquet, E., & Tariel, J. (2016). Offspring reaction norms shaped by parental environment: interaction between within-and trans-generational plasticity of inducible defenses. BMC Evolutionary Biology, 16(1), 209.

Mercredi 15 mai 2019 de 8h30 à 12h30

Patrice David

Cours : l’individu et ses gènes, un gène n’évolue pas seul : les interactions entre les gènes, background sélection, …

Axe de la Discussion : qu’est-ce qu’un organisme ? ou Evolution des réseaux de gènes

1. Weinreich et al 2006 Darwinian Evolution Can Follow Only Very Few Mutational Paths to Fitter Proteins, Science 312: 111-113)

2. Davidson et Erwin, 2006, Gene Regulatory Networks and the Evolution of Animal Body Plans, Science 311: 796-800)

Mercredi 15 mai 2019 de 14h à 18h :

Frédéric Austerlitz & Paul Verdu

Cours : Dérive génétique ou le tri aléatoire des variants par les processus démographiques : la « mécanique » de la dérive, théorie de la coalescence, horloge moléculaire.

Axe de la Discussion : Peut-on reconstruire l’histoire démographique des populations ?

1. Verdu, P., Austerlitz, F., Estoup, A., Vitalis, R., Georges, M., Thery, S., Froment, A., Le Bomin, S., Gessain, A., Hombert, J. M., Van der Veen, L., Quintana-Murci, L., Bahuchet, S. & Heyer, E. (2009). Origins and genetic diversity of pygmy hunter-gatherers from Western Central Africa. Curr Biol 19, 312-318.

2.Aimé, C., Laval, G., Patin, E., Verdu, P., Ségurel, L., Chaix, R., ... & Austerlitz, F. (2013). Human genetic data reveal contrasting demographic patterns between sedentary and nomadic populations that predate the emergence of farming. Molecular biology and evolution, mst156.

Jeudi 16 mai 2019 8h30 à 12h30

Manuela LOPEZ VILLAVICENCIO

Cours : évolution du sexe : recombinaison vs reproduction, diversité des modalités du sexe, diversité des mécanismes qui expliquent le maintien du sexe, …

Axe de la Discussion : rôle d’une sélection d’espèces dans l’évolution du sexe

1. McDonald, M. J., Rice, D. P., & Desai, M. M. (2016). Sex speeds adaptation by altering the dynamics of molecular evolution. Nature, 531(7593), 233.

2. Goldberg, E. E., Kohn, J. R., Lande, R., Robertson, K. A., Smith, S. A., & Igić, B. (2010). Species selection maintains self-incompatibility. Science, 330(6003), 493-495.

2. Gouyon PH. 1999. Sex: a pluralist approach includes species selection.(One step beyond and it's good.). Journal of Evolutionary Biology 12: 1029-1030.

Jeudi 16 mai 2019 de 14h à 18h :

Marianne Elias & Sarah Samadi

Cours : Spéciation : diversité des processus expliquant la diversité au niveau spécifique.

Axe de la Discussion : qu’est-ce qu’une espèce du point de vue de la Théorie de l’évolution ?

1. Bouchemousse, S., Liautard‐Haag, C., Bierne, N., & Viard, F. (2016). Distinguishing contemporary hybridization from past introgression with postgenomic ancestry‐informative SNPs in strongly differentiated Ciona species. Molecular Ecology, 25(21), 5527-5542.

2. Roux, C., Fraisse, C., Romiguier, J., Anciaux, Y., Galtier, N., & Bierne, N. (2016). Shedding light on the grey zone of speciation along a continuum of genomic divergence. PLoS biology, 14(12), e2000234.

Vendredi 17 mai 2019 de 8h30 à 12h30

Violaine Llaurens

Cours : des gènes aux caractères : génétique quantitative, évo-dévo à l’échelle micro et macro évolutive.

Axe de la Discussion : fardeau historique et contingence

1. Gibert, J. M. (2017). The flexible stem hypothesis: evidence from genetic data. Development genes and evolution, 227(5), 297-307.

2. Wallbank, R. W., Baxter, S. W., Pardo-Diaz, C., Hanly, J. J., Martin, S. H., Mallet, J., ... & McMillan, W. O. (2016). Evolutionary novelty in a butterfly wing pattern through enhancer shuffling. PLoS biology, 14(1), e1002353.

Vendredi 17 mai 2019 de 14h à 18h

Anouk Barberousse & Sarah Samadi

Cours : En quoi la théorie de l’évolution est-elle bien une théorie ?

Axe de la Discussion : quel est l'apport pratique d'un cadre théorique unifié ?

1. Peeters, M., Toure-Kane, C., & Nkengasong, J. N. (2003). Genetic diversity of HIV in Africa: impact on diagnosis, treatment, vaccine development and trials. Aids, 17(18), 2547-2560.

2. Newsome, T. M., Fleming, P. J., Dickman, C. R., Doherty, T. S., Ripple, W. J., Ritchie, E. G., & Wirsing, A. J. (2017). Making a new dog?. BioScience, 67(4), 374-381.