ソフトウェア

R パッケージ

• FIT: Transcriptomic Dynamics Models in Field Conditions (CRAN)
  • *Windows上でインストールする際は、"--no-multiarch"オプションを付けてください。
    • 例：install.packages("FIT", INSTALL_opts = "--no-multiarch")
  • 野外環境下のトランスクリプトームの統計モデル（参考文献：K. Iwayama, et al. Bioinformatics, 2017. DOI: 10.1093/bioinformatics/btx049)
• NeSAGe: Negative Sparse Additive Generative model (github)
  • RNA-Seq向けトピックモデル
  • 発現量の推定や、Bi-clusteringに使えます