Embedded Files
I added Graphical User Interface to LCS(Longest Common Subsequence).
LCS(Longest Common Subsequence)に GUIを付けてみました。
別件で、Javaの開発環境を調査していたのですが、GTK+用の Gladeという GUIデザインツールを見つけたので、統合開発環境 Anjutaと一緒に Downloadしてみました。GTK+は、Widgetのデザインは Javaの Swingと良く似ている感じです。Classや Functionの Interfaceは Window APIと良く似ている印象でした。ライブラリの仕組みが Swingや Win32 APIと似ているので違和感なくすんなり入って行けます。
最長共通化部分列問題(LCS)については、下記ページなどをご参照ください。
1.LCS(Longest Common Subsequence) of Dynamic Programming No.1
2.LCS(Longest Common Subsequence) of Dynamic Programming No.2
2つの配列を比較した結果は、アミノ酸配列の場合 BLOSUM値、
塩基配列の場合は Match、Unmatch値に基づいて色分けされて表示されます。
比較 Regionを見つけ出す、事前検索には、一致数のもっとも多い部分を探す方法と、
Hidden Markov Modelを使用した検索の 2つがあります。
また、詳細な比較結果は Match(=)、Insertion(+)、Deletion(-)、Gap( | もしくは * )、また、
アミノ酸配列の時は BLOSUM値、塩基配列の時は Matich、Unmatch値で参照可能です。
また、2つの配列の正の値を Dot matrix(Harr plot)として表示可能です。
右下にある2つのスライダーtsとcnは、それぞれ threshold numberと continuity numberを調節可能です。
threshod numberは、閾値を変更する事ができ、指定した閾値以下の値をマスクします。
continuity numberは、dotの連続数を指定できます。
これは、ts = 3, cn = 4 を指定した場合です。
配列一致度の高い部分が浮き上がってきます。
引き続き、機能を充実させて行く予定です。
商用利用有料の Sharewareです。利益を伴わない使用に関しては、Free softwareとなっています。このソフトウェアを使用して、利益を得た場合はその利益の 10[%]を支払って頂きたいと存じます。何卒、ご協力のほど宜しくお願い申し上げます。
This software is Free software, but case of business use when became shareware, and Please you will 10[%] part of profit pay for me. because I must eat bread every day. (see Genesis 3:19) for details, Please contact me at a-kashiwagi@hotmail.com.
Copyright (C) since 2010 Akihiro Kashiwagi
e-mail: a-kashiwagi@hotmail.com
and I thanks Jehovah GOD, your creation is wonderful.
Environment - 動作環境
UNIX system , GTK+ Library
How to install - インストール方法
1.Extracting archive - アーカイブを解凍します。
>tar xvfz lcs-0.1.tar.gz
2.Change directory to lcs-0.1 - ディレクトリを lcs-0.1へ移動します。
>cd lcs-0.1
3.Executing Configure - コンパイル設定を行います。
>./configure
4.Make - コンパイルを行います。
>make
5.Change user to root - ユーザーを rootにします。
>su
6.Install - インストールの実行
#make install
7.Copy file blosum62 to /etc/. - ファイル blosum62を /etc/.へコピーします。
#cd src
#cp blosum62 /etc/.
#cd ..
8.A file "lcs.png" move to /usr/share/icons - ファイル lcs.pngを /usr/share/icons/.へコピーします。
#cd icon
#cp lcs.png /usr/share/icons/.
#cd ..
9.A directory "manual/lcs" move to /usr/share/gnome/help/. -ディレクトリ manual/lcsを /usr/shear/gnome/help/.へコピーします。
#cd manual
#cp -r lcs /usr/share/gnome/help/.
#exit
>
8.Executing - 実行
>lcs &
9.Detail information - 詳細情報
File information - ファイル情報
(1). lcs_gui : /usr/local/bin/lcs
(2).lcs_gui.ui : /usr/local/share/lcs/ui/lcs_gui.ui
(3).blosum62 : /etc/blosum62
(4).lcs.png : /usr/share/icons/lcs.png
(5).lcs.1 : /usr/share/man/man1/lcs.1
(6).lcs.xml(and related files) : /usr/share/gnome/help/lcs/C
Usage - 使い方
lcs [ Options ] SourceFileName TargetFileName
Options:
-cui : Character User Interface mode
-gui : Graphical User Interface mode - default
-v : Output v sequence
-w : Output w sequence
-ans : Output ans sequence - default
-gap : Output gap sequence ( "+" Insertion "-" Deletion )
-eg : Output eg matrix
-ss : Output ss matrix
-bp : Output bp matrix
-n : Compare by Nucleotide - default
-a : Compare by Amino Acid
-part : Compare part of sequence - default
-all : Compare all sequence
-id : Pre scan by identity match
-hmm : Pre scan by hmm
-ga : Global alignment mode - default
-la : Local alignment mode
-lg : Liner gap score - default
-ag : Affine gap score
-mn number : Integer number of match - default 10
-un number : Integer number of unmatch - default -10
-dn number : Integer number of gap penalry - default 10
-en number : Integer number of affine gap penalry - default 5
Easy way to use. - 簡単な使い方
1.Read sequence - 配列を読み込みます。
LCS can use fasta format file and only sequence file. and copy & paste from other window.
I designed for copy & pasete. but you can use file menu and drag & drop.
fastaフォーマットも配列だけのデータも使うことができます。
主にコピー＆ペーストを主眼において作っていますが、ファイルメニューからファイルを指定しても、
ドラッグ＆ドロップでもファイルを読み込むことができます。
2.Set parameters - パラメータをセットします。
You will set parameter.
Nucleotide : Compare by Nucleotide - 塩基配列を比較します。
Amino : Compare by Amino Acid - アミノ酸配列を比較します。
all : Compare all sequence - すべての配列を比較します。
part : Compare part of sequence - default - 配列の良く一致する一部分を比較します。
affine : Affine gap score, this can set a number of integer number - default 5
liner : Liner gap score, this can set a number of integer number - default 10
global : Global alignment mode - default - グローバルアライメントを使用します。
local : Local alignment mode - ローカルアライメントを使用します。
affine : Affine gap score, this can set a number of integer number - default 5 - アファインギャップペナルティを使用します。
liner : Liner gap score, this can set a number of integer number - default 10 - ライナーギャップペナルティを使用します。
Match number : Integer number of match - default 10 - 一致時の値を指定します。
Unmatch number : Integer number of unmatch - default -10 - 不一致時の値を指定します。
3.Execute
You will push to "Execute" button, and calculate alignment. - "Execute"ボタンを押すと実行されます。
ダウンロード
Download : lcs-0.1.tar.gz - 2011/4/27 14:19 updated
Download : lcs-0.9.tar.gz - 2011/7/23 23:30 updated.
Download : lcs-0.9.1.tar.gz - 2024/7/11 21:13 updated - This is at just before version 1.0.
GitHub : https://github.com/a-kashiwagi/bioinformatics-tools ※最新版はこちらから
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