El clima en Juchitlan no es de los mas estables de la región, siempre esta caluroso al medio día y fresco en la noche y por la mañana. Se puede decir que oscila entre los 14 grados y los 32 grados Celsius, (57 y 90 grados Fahrenheit). La temporada de lluvias es entre los meses de Junio y Septiembre, siendo el mes mas llovedor el mes de Julio, el resto del año esta seco la mayoría de los días. Incluso escasea el agua en algunos puntos alrededor de la población.

La precipitación anual es de 620 mm.