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まあ、JsDocでやばいことが起こるとは思えませんが。
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よく偉い人が「JavaScriptにクラスなんてものはねぇ！あるのはオブジェクトだけだ！」とおっしゃっています。
ですが、多くのライブラリではクラス（またはクラスもどき）が実装されています。
ピュアなJavaScriptであればクラスなんてものはありませんが、ライブラリを使えばクラスを使えるのです。