Računarstvo u geofizici

Vježbe 26.1.2023.  Predavanje o korištenju HPC mogućnosti Srca

Detalji za spajanje na virtualno predavanje dobiveni emailom.

Vježbe 19.1.2023. Uvod u Message Passing Interface (MPI)

Ove vježbe su informativnog karaktera. MPI standard je široko korišten u mnogim grana geofizičkog modeliranja.

• Zajedno s asistentom ćete proći kroz kratki uvod u MPI: http://condor.cc.ku.edu/~grobe/docs/intro-MPI.shtml

  • umjesto "include '/usr/include/mpif.h'" u programima koristite "use mpi"

  • umjesto kompajliranja f77 ili gfortran, koristite mpif90

• Također, zajedno s asistentom ćete proći kratki primjer korištenja MPI u programima u Fortranu: https://www.hpc.cineca.it/content/pi-fortran-mpi

• Na osobnom računalu mpif90 možete instalirati kao dio "sudo apt-get install mpich"

Vježbe 12.1.2023. Git & Github

Vježbe na temu Git & Github prema: https://swcarpentry.github.io/git-novice/

• prvi sat vježbi: poglavlja od 1. do 4.

• drugi sat vježbi: poglavlja od 5. do 6.

• treći sati vježbi: poglavlje 7.  (rezultat ssh-keygen najjednostavnije podijeliti kroz GitHub>Settings>SSH Keys)

  • napomena: koristiti editor vi (umjesto nano kako koriste na gornjem linku)

  • napomena: raditi u svom radnom direktoriju na računalu (umjesto na Desktopu kako rade na gornjem linku)

• bonus: https://learngitbranching.js.org/ 

Vježbe 5.1.2023. Uvod u Python (3/3)

Vježbe na temu Objektno orijentiranog programiranja prema: https://www.srce.unizg.hr/sites/default/files/edu/programiranje/d460_polaznik.pdf 

• prvi sat vježbi: potpoglavlja 4.1, 4.2, 4.3 (4.4: zadaci 1, 2, 3, 4)

  • • razredi i objekti, specijalne metode, metode objekta, statičke metode, vlasništvo varijabli

• drugi sat vježbi: potpoglavlja 4.5, 4.6 (4.7: zadaci 1, 2, 3, 4)

  • • vidljivost varijabli (javna, zaštićena, privatna varijabla), svojstva, enkapsulacija

• treći sat vježbi: potpoglavlja 4.8, 4.9, 4.10 (4.11: zadaci 1, 2)

  • • nasljeđivanje (inheritance), preopterećenje (overloading), nadjačavanje (overriding)

• bonus: jedna od primjena OOP u prognozi vremena: http://www.data-assimilation.net/Events/Year3/OOPS.pdf 

• Treća domaća zadaća:  RG domaća zadaća 3

Vježbe 15.12.2022. Uvod u Python (2/3)

• prvi sat vježbi: završiti zadatke od prošlog termina

• drugi sat vježbi: RG Uvod u Python dio 2.1

• treći sat vježbi: RG Uvod u Python dio 2.2

• Korisno za znati: https://numpy.org/doc/stable/user/basics.broadcasting.html 

Vježbe 08.12.2022. Uvod u Python (1/3)

• prvi sat vježbi: RG Uvod u Python dio 1.1

• drugi sat vježbi: RG Uvod u Python dio 1.2

• Koristan tečaj Srca (preporučam prijavu!): https://www.srce.unizg.hr/sites/default/files/edu/programiranje/D450_polaznik.pdf 

• Zgodna knjiga s nekim mogućim aktivnostima koje se mogu automatizirati u Pythonu: https://automatetheboringstuff.com/

Vježbe 17.11.2022. Uvod u Fortran (2/2)

• Preuzmite skup F90 programa F90.tar

• Obradite sljedeći skup zadataka: RG Uvod u Fortran dio 2

• Druga domaća zadaća: RG domaća zadaća 2

Vježbe 10.11.2022. Uvod u Fortran (1/2)

• Preuzmite skup F90 programa F90.tar

• Obradite sljedeći skup zadataka: RG Uvod u Fortran dio 1

Vježbe 27.10.2022. Uvod u Linux (3/3)

• 1: Isprobajte sljedeći skup naredbi u Linux terminalu: RG Uvod u Linux dio 3

• 2: Provjerimo mogućnosti chmod naredbe:  https://www.makeuseof.com/tag/chmod-command-linux-file-permissions/

• 2: Iz tečaja Srca L120 zajedno  ćemo proći kroz

  • 2. Scripting Essentials (stranica 34. i 35.)

  • 4. Flow Control and Loops  (stranica 36.)

• 3: Prva domaća zadaća: RG domaća zadaća 1

• 4: Iz tečaja Srce D105 zajedno ćemo proći kroz

  • 10.1. Pristup udaljenim sustavima: ssh i scp (stranica 58.)

  • Upoznat ćemo se mogućnostima pristupa na računalo Isabella korištenjem dobivenog korisničkog imena i šifre.

  • Sustav s uputama za korištenje računalnog klastera Isabella: https://wiki.srce.hr/display/RKI/Pristup 

Vježbe  20.10.2022. Uvod u Linux (2/3)

• Isprobajte sljedeći skup naredbi u Linux terminalu: RG_Uvod_u_Linux_dio_2

• Korisna literatura za ovaj dio gradiva:

  • D105

  • https://swcarpentry.github.io/shell-novice/ 

• Vim&Vi

  • razlika između Vim i Vi editora: https://linuxiac.com/differences-between-vi-and-vim-text-editors-explained/

  • na današnjim vježbama ćemo proći kroz interni vim tutorial. Unutar terminala upišite naredbu "vimtutor" te prođite kroz sve vježbe

Vježbe  20.10.2022. Uvod u Linux (1/3)

• Linux distribucije: 

  • https://www.howtogeek.com/191207/10-of-the-most-popular-linux-distributions-compared/

  • https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_Linux_distributions

• Isprobajte Ubuntu (bez instalacije) na Vašem osobnom računalu: https://ubuntu.com/tutorials/try-ubuntu-before-you-install

• Instalacija Ubuntu na Vaše osobno računalo:

  • Važno: napravite backup sustava i važnih datoteka prije početka instalacije!

  • Važno: savjetujte se sa kolegama/kolegicama i IT stručnjacima koji imaju iskustva s Linux distribucijama!

  • Mogući pristupi instalaciji:

    • Instalacija Ubuntu (pristup 1): https://www.wikihow.com/Install-Ubuntu-on-VirtualBox

    • Instalacija Ubuntu (pristup 2): https://ubuntu.com/tutorials/install-ubuntu-desktop

    • Instalacija Ubuntu (pristup 3): https://ubuntu.com/tutorials/ubuntu-on-windows#1-overview

  • Ukoliko niste u mogućnosti instalirati Ubuntu ili alternativnu distribuciju planirajte rad u računalnoj učionici.

• Isprobajte osnovne naredbe u Linux terminalu: RG_Uvod_u_Linux_dio_1

• Dodatna literatura (od mnoge dostupne): priručnik za polaznike tečaja Uvod u Linux na Srcu.