La visión de la MCA está enfocada a ser un posgrado líder en la formación de profesionistas en la investigación y manejo de los sistemas del trópico húmedo. Este programa ha sido reestructurado en el 2008, integrando elementos de flexibilidad curricular y movilidad estudiantil. Las líneas generales que sustentan el programa de la MCA están orientadas hacia la investigación mediante el desarrollo de estudios formativos estrechamente vinculados a las Líneas de Generación y Aplicación del Conocimiento de los Cuerpos Académicos de la División.
Desea formar especialistas en ecología y manejo de sistemas tropicales que generen conocimientos a partir de la investigación científica básica y su aplicación, y contribuyan al desarrollo de nuevas metodologías y tecnologías para la prevención, diagnóstico y tratamiento de contaminantes ambientales, así como la conservación y manejo de especies y hábitats, para promover el desarrollo de una cultura productiva y social de los recursos naturales de manera sostenible y en armonía con el ambiente que mejore la calidad de vida; fomentando la cooperación multidisciplinaria e interinstitucional, el servicio transparente a la sociedad y la honesta protección y conservación ambiental.