Durante los reinados de Carlos V y Felipe II se aumentó la centralización. Los diferentes territorios del Imperio tenían sus propias instituciones y leyes pero el mismo rey. Este gobernaba, dirigía la política exterior y el ejército, y administraba los impuestos. Pero para tomar algunas decisiones necesitaba la aprobación de las Cortes.
Se terminó de completar el sistema de gobierno de la monarquía basado en consejos que iniciaron los Reyes Católicos. A los ya existentes se añadieron otros. Entre los territoriales (que se ocupaban de un territorio) crearon el Consejo de Italia, el de Flandes, el de Indias (gobierno de las colonias), Portugal… Entre los temáticos (que se ocupaban de materias específicas) destacaban el de Hacienda, el de la Inquisición y el de Estado (trataba cuestiones internacionales y los asuntos de mayor importancia).
Cada territorio tenía un virrey o gobernador, que representaba al rey y gobernaba en su nombre.
Las chancillerías y audiencias eran tribunales supremos de justicia.
Felipe II otorgó más poder a los secretarios (especie de ministros que actuaban como intermediarios entre el rey y los consejos).
En la Edad Moderna continuó vigente la sociedad estamental, con estamentos privilegiados (nobleza y clero) y no privilegiados (pueblo llano).
La alta nobleza disponía de grandes posesiones y acaparaba cargos de gobierno. La baja nobleza, los hidalgos, a veces no tenían dinero ni posesiones. El alto clero también disponía de riquezas e influencia en la corte, mientras el bajo clero (curas, frailes, monjas…) contaban con recursos escasos.
El pueblo llano se dedicaba a las actividades productivas (agricultura, artesanía, comercio…) y pagaban impuestos. Marginados, mendigos y pícaros ocupaban el escalón más bajo de la sociedad, viviendo de pedir, robar…
La economía de los reinos hispánicos creció a lo largo del siglo XVI, hasta que en las últimas décadas comenzó una fase de declive. Hubo dificultades para atender la demanda de alimentos de una población que no había parado de crecer desde el siglo XV, mientras la política internacional de la monarquía subía los impuestos, empobreciendo a la población.
Agricultura: predominaba el cultivo de cereales de secano –sobre todo en Castilla- pero era más productiva la agricultura de regadío practicada por los moriscos en las vegas del Ebro y Granada y las huertas de Valencia y Murcia.
Ganadería: se continuaba produciendo lana de oveja merina, que se exportaba pero también se tejía en talleres artesanales.
Artesanía: el siglo XVI fue el gran siglo de los paños de lana castellanos fabricados en talleres de Segovia, Burgos y Cuenca, que se exportaban a Europa. También era importante la producción de seda en Zaragoza, Valencia y Andalucía.
Comercio: en las ferias comerciales castellanas se realizaban los negocios de exportación de lana y paños, mientras por el puerto de Valencia se exportaban materias primas y manufacturas textiles valencianas y aragonesas.
Al finalizar el siglo XVI, la economía española se había deteriorado. Solo sobrevivió la pequeña artesanía local. Industrias importantes como la lanera castellana y la textil de la Corona de Aragón no pudieron competir con las extranjeras. También el comercio se redujo. La disminución económica afectó a la sociedad: la población que vivía de la limosna aumentó y muchas personas ingresaron en el clero para evitar la pobreza.