En 1556 Carlos V abdicó y dividió su herencia. A su hermano Fernando le cedió Austria y los derechos a la corona imperial, y a su hijo Felipe II el resto de su patrimonio territorial: Castilla y sus dominios americanos, la Corona de Aragón y sus posesiones italianas, y los Países Bajos y el Franco Condado.
Debido al peso de Castilla, que era el reino de la monarquía que más contribuía económicamente a su política imperial, Felipe II estableció en 1561 su capital en Madrid.
En 1580 murió el rey de Portugal sin descendientes. Felipe II, hijo de una infanta portuguesa, heredó también este reino junto con los territorios portugueses en América, África y Asia. Tras la absorción de estos territorios y la conquista de las islas Filipinas, su imperio alcanzó una dimensión mundial.
Todos los reinos de la península quedaron sometidos al mismo soberano, pero mantuvieron sus instituciones y leyes particulares (fueros). Pero los intentos centralizadores del rey provocaron una intensa oposición en alguno de sus reinos. Destacó la revuelta de Aragón en 1591 en defensa de sus fueros, relacionada con el caso del secretario Antonio Pérez, acusado de asesinato en Castilla que huyó a Aragón.
Felipe II fue un gran defensor del catolicismo frente al Islam y la Reforma protestante. Por ello, reforzó el poder de la Inquisición, prohibió la entrada de libros extranjeros en España y la salida de estudiantes españoles a otros países. También desató la sublevación de los moriscos de Granada en 1568, sofocada dos años después.
El mantenimiento del Imperio suponía unos enormes y constantes gastos. Carlos V dejó las finanzas en quiebra. Los gastos superaban a los ingresos y Felipe II tuvo que declarar varias veces la bancarrota (suspensión del pago de las deudas). Pese a ello, el descubrimiento de minas de oro y plata en América y el aumento de impuestos permitieron seguir manteniendo el gasto militar.
corte de Felipe II
La defensa a ultranza de la Contrarreforma y de la hegemonía en Europa motivó que a los enemigos heredados de tiempos de Carlos V se sumaran dos nuevos rivales, Inglaterra y Flandes.
Guerra contra Francia: Felipe II derrotó a los franceses en la Batalla de San Quintín (1557) y los obligó a firmar la Paz de Cateau-Cambresis, que puso fin a la amenaza francesa durante varias décadas.
Guerra contra el Imperio Turco: la amenaza turca en el Mediterráneo llevó a formar la Liga Santa (alianza del papado, la Monarquía Hispánica y Venecia), cuya flota derrotó a los turcos en la Batalla de Lepanto (1571).
Guerra en Flandes: la extensión del calvinismo por los Países Bajos y los problemas económicos dieron inicio a una rebelión en 1566. Felipe II envió al Duque de Alba, quien realizó una dura campaña militar, pero no logró acabar con la guerra. Su sustituto aseguró el control de las provincias del sur -Flandes-, pero los territorios del norte –Provincias Unidas- proclamaron su independencia en 1581. La guerra se prolongó hasta 1648, cuando España tuvo que reconocer su independencia.
Guerra contra Inglaterra: la reina Isabel I, que era anglicana, apoyó a los rebeldes flamencos y fomentó el ataque de corsarios a los barcos españoles que llegaba de América. Felipe II decidió invadir Inglaterra con una gran flota, la Gran Armada (llamada por los ingleses Armada Invencible). Fue destruida por el ataque de los barcos ingleses y las fuertes tormentas.