Trường hợp khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế và qua công tác thanh tra, kiểm tra phát hiện hồ sơ khai thuế có sai sót thì:
- Đối với các hoá đơn đầu ra: Hoá đơn đầu ra xuất bán phát sinh kỳ nào thì thực hiện kê khai bổ sung, điều chỉnh kỳ thuế phát sinh hoá đơn đó.
- Đối với các hóa đơn đầu vào: Sau khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế, các hóa đơn đầu vào sai sót được phát hiện sẽ không được kê khai, khấu trừ bổ sung tại kỳ tính thuế phát hiện hoá đơn bỏ sót do không đủ điều kiện khấu trừ theo quy định.
Người nộp thuế được hạch toán thuế giá trị gia tăng không được khấu trừ này vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định, trừ số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định.