Auxerre telt vele bezienswaardigheden, maar het meest opvallend is de kathedraal van Saint-Etienne. Deze elegante kathedraal werd gebouwd ten tijde van bisschop Guillaume de Seignelay die in 1215 hiertoe opdracht gaf. Door allerlei problemen (van geldtekort tot de 100-jarige oorlog) werd deze pas enkele eeuwen later voltooid. De kathedraal kan in hoogseizoen elke dag bezocht worden, voor de crypte en de schatkamer moet toegangsgeld betaald worden. De abdij van Saint-Germain werd ongeveer 1000 jaar geleden gesticht, en is nog bijna volledig intact. Het bevat een abdijkerk uit de 14de eeuw, en crypten uit de 9de eeuw. De abdij huisvest het stedelijk historisch museum en kan dagelijks (op dinsdag en sommige feestdagen na) bezocht worden.
De Yonne-rivier stroomt langs Auxerre. Deze rivier zorgde ook voor heel wat economische activiteit, zoals handel van allerlei goederen en transport van hout. Hoewel deze activiteiten in het begin van de 20ste eeuw bijna volledig stil gevallen zijn leeft de herinnering nog verder in de vele leuke kleine straatjes nabij de waterkant.
Verdere bezienswaardigheden zijn o.a. het natuurgeschiedkundig museum, de straatjes in de buurt van de horlogetoren en de wijnbouwerswoningen rond het justitiepaleis (Rue de Paris). Naast deze bezienswaardigheden kan je in Auxerre ook genieten van vele Bourgondische wijnsoorten die in de omgeving geteelt worden.