My PhD thesis:
@PhDThesis{Dinh:PhDthesis2012, author = {Dinh, Duy}, title = "{Accès à l'information biomédicale : vers une approche d'indexation et de recherche
d'information conceptuelle basée sur la fusion de ressources termino-ontologiques}", year = {2012}, month = {septembre}, type = {Thèse de doctorat}, school = {Université Paul Sabatier}, address = {Toulouse, France}, language = {français}, URL = {http://www.irit.fr/~Lynda.Tamine-Lechani/pdf/Duy_Dinh_phd_thesis_2012.pdf}, keywords = {Recherche d'Information (RI) biomédicale, Extraction de concepts biomédicaux,
Expansion de documents, Reformulation de requêtes}, abstract = {La recherche d'information (RI) est une discipline scientifique qui a pour objectif de
produire des solutions permettant de sélectionner à partir de corpus d'information celle qui sont
dites pertinentes pour un utilisateur ayant exprimé une requête. Dans le contexte applicatif de la
RI biomédicale, les corpus concernent différentes sources d'information du domaine : dossiers
médicaux de patients, guides de bonnes pratiques médicales, littérature scientifique du domaine
médical etc. Les besoins en information peuvent concerner divers profils : des experts médicaux,
des patients et leurs familles, des utilisateurs néophytes etc. Plusieurs défis sont liés
spécifiquement à la RI biomédicale : la représentation spécialisée des documents, basés sur
l'usage des ressources terminologiques du domaine, le traitement des synonymes, des acronymes et
des abréviations largement pratiquée dans le domaine, l'accès à l'information guidé par le contexte
du besoin et des profils des utilisateurs.
Nos travaux de thèse s'inscrivent dans le domaine général de la RI biomédicale et traitent des
défis de représentation de l'information biomédicale et de son accès. Sur le volet de la représentation de l'information, nous proposons des techniques d'indexation de documents basées sur :
%
1) la reconnaissance de concepts termino-ontologiques :
cette reconnaissance s'apparente à une recherche approximative de concepts pertinents associés à
un contenu, vu comme un sac de mots. La technique associée exploite à la fois la similitude
structurelle des contenus informationnels des concepts vis-à-vis des documents mais également la
similitude du sujet porté par le document et le concept,
%
2) la désambiguïsation des entrées de concepts reconnus en exploitant la branche liée au
sous-domaine principal de la ressource termino-ontologique,
%
3) l'exploitation de différentes ressources termino-ontologiques dans le but de couvrir au mieux
la sémantique du contenu documentaire.
%
Sur le volet de l'accès à l'information, nous proposons des techniques d'appariement basées sur l'expansion combinée de requêtes et des documents guidées par le contexte
du besoin en information d'une part et des contenus documentaires d'autre part. Notre analyse porte essentiellement sur l'étude de l'impact des différents paramètres
d'expansion sur l'efficacité de la recherche : distribution des concepts dans les ressources ontologiques, modèle de fusion des concepts, modèle de pondération des concepts, etc.
L'ensemble de nos contributions, en termes de techniques d'indexation et d'accès à l'information ont fait l'objet d'évaluation expérimentale sur des collections de test dédiées
à la recherche d'information médicale, soit du point de vue de la tâche telles que TREC Medical track, CLEF Image, Medical case ou du point de vue des collections de test telles
que TREC Genomics.
}
Journal articles' bibtex:
@article{Dinh:AIIM:2015, author = {Julio Cesar Dos Reis and Duy Dinh and Cedric Pruski and Marcos Da Silveira and
Chantal Reynaud-Delaitre}, title = {Recognizing Lexical and Semantic Change Patterns in Evolving Life Science
Ontologies to Inform Mapping Adaptation}, journal = {Artificial Intelligence in Medicine}, volume = {}, number = {}, pages = {}, year = {2015}, url = {}, doi = {10.1016/j.artmed.2014.11.002} }
@article{Dinh:JWS:2014, author = {Duy Dinh and Julio Cesar Dos Reis and Cedric Pruski and Marcos Da Silveira and
Chantal Reynaud-Delaitre}, title = {Identifying relevant concept attributes to support mapping maintenance under
ontology evolution}, journal = {Journal of Web Semantics}, volume = {29}, pages = {53--66}, year = {2014}, url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1570826814000444}, doi = {10.1016/j.websem.2014.05.002} }
@article{Dinh:AIIM:2013, author = {Duy Dinh and Lynda Tamine and Fatiha Boubekeur}, title = {Factors affecting the effectiveness of biomedical document indexing and retrieval
based on terminologies}, journal = {Artificial Intelligence in Medicine}, volume = {57}, number = {2}, pages = {155--167}, year = {2013}, url = {http://dx.doi.org/10.1016/j.artmed.2012.08.006}, doi = {10.1016/j.artmed.2012.08.006} }
@article{Dinh:JWS:2012, author = {Duy Dinh and Lynda Tamine}, title = {Towards a context sensitive approach to searching information based on domain
specific knowledge sources}, journal = {Journal of Web Semantics}, volume = {12}, pages = {41--52}, year = {2012}, url = {http://dx.doi.org/10.1016/j.websem.2011.11.009}, doi = {10.1016/j.websem.2011.11.009} }
Conference articles' bibtex:
@inproceedings{Dinh:ESWC:2014, author = {Duy Dinh and J{\'{u}}lio Cesar dos Reis and C{\'{e}}dric Pruski and Marcos Da
Silveira and Chantal Reynaud{-}Dela{\^{\i}}tre}, title = {Identifying Change Patterns of Concept Attributes in Ontology Evolution}, booktitle = {The Semantic Web: Trends and Challenges - 11th International Conference, {ESWC} 2014, Anissaras, Crete, Greece, May 25-29, 2014. Proceedings}, pages = {768--783}, year = {2014}, url = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-07443-6_51}, doi = {10.1007/978-3-319-07443-6_51} } @inproceedings{Reis:CIKM:2013, author = {J{\'{u}}lio Cesar dos Reis and Duy Dinh and C{\'{e}}dric Pruski and Marcos Da
Silveira and Chantal Reynaud{-}Dela{\^{\i}}tre}, title = {Mapping adaptation actions for the automatic reconciliation of dynamic ontologies}, booktitle = {22nd {ACM} International Conference on Information and Knowledge Management, CIKM'13, San Francisco, CA, USA, October 27 - November 1, 2013}, pages = {599--608}, year = {2013}, url = {http://doi.acm.org/10.1145/2505515.2505564}, doi = {10.1145/2505515.2505564} } @inproceedings{Dinh:ECIR:2011, author = {Duy Dinh and Lynda Tamine}, title = {Combining Global and Local Semantic Contexts for Improving Biomedical Information
Retrieval}, booktitle = {Advances in Information Retrieval - 33rd European Conference on {IR} Research, {ECIR} 2011, Dublin, Ireland, April 18-21, 2011. Proceedings}, pages = {375--386}, year = {2011}, url = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-20161-5_38}, doi = {10.1007/978-3-642-20161-5_38} } @inproceedings{Dinh:AIME:2011, author = {Duy Dinh and Lynda Tamine}, title = {Voting Techniques for a Multi-terminology Based Biomedical Information Retrieval}, booktitle = {Artificial Intelligence in Medicine - 13th Conference on Artificial Intelligence in Medicine, {AIME} 2011, Bled, Slovenia, July 2-6, 2011. Proceedings}, pages = {184--193}, year = {2011}, url = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-22218-4_23}, doi = {10.1007/978-3-642-22218-4_23} } @inproceedings{Dinh:SAC:2011, author = {Duy Dinh and Lynda Tamine}, title = {Biomedical concept extraction based on combining the content-based and word order
similarities}, booktitle = {Proceedings of the 2011 {ACM} Symposium on Applied Computing (SAC), TaiChung, Taiwan, March 21 - 24, 2011}, pages = {1159--1163}, year = {2011}, url = {http://doi.acm.org/10.1145/1982185.1982438}, doi = {10.1145/1982185.1982438} }