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ggplot2
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obs_insectos.csv, exp_insectos.csv, son dos archivos que contienen los valores observados y predichos del desarrollo de dos especies de insectos (ver Gráficas de Puntos. Modelos).
Los archivos se encuentran aquí:
https://sites.google.com/site/digitcognem/workfiles
Formatos Gráficos
La calidad de una imagen científica depende de varios factores, entre ellas el diseño y selección del tipo de figura. Adicionalmente, la resolución es muy importante puesto esto permite apreciar la imagen gráfica ya sea impresa en papel o en formato electrónico. La resolución tiene que ver con la cantidad y calidad de información contenida en la imagen, y esto a la vez depende del formato.
Existe una multitud de formatos (imágenes) gráficos, que se reconocen por su extensión. Sin embargo, en esencia estos tipos de gráficos se agrupan en dos clases:
- Vectoriales
- Raster
Graficas Vectoriales
Las gráficas vectoriales se representan por instrucciones que construyen la gráfica. Los formatos mas comunes son:
- Scalable Vector Graphics (svg). es un formato para crear gráficas que usualmente son interpretadas por los navegadores de internet, viz., Chrome, Mozilla Firefox, etc.
- Portable Document Interface (pdf), es un formato independiente del sistema operativo, creado por Adobe y se deriva del EPS (Encapsulated Post Script Vector Graphics). Tambien puede contener images tipo ráster.
- Encapsulated Post Script Vector Graphics (EPS). Formato para gráficas vectoriales, creado por Adobe.
Usualmente, las gráficas vectoriales representan lineas y puntos o formas geométricas. En el caso de las gráficas científicas descritas en este sitio web, se pueden considerar como vectoriales pues están constituidas por lineas y puntos. En lo posible, es recomendable emplear estos tipos de formato. El incremento en el tamaño de la figura no se refleja en el tamaño del archivo.
Gráficas Raster
Estos formatos almacenan la información pixel por pixel, por lo cual su tamaño es generalmente grande, en comparación con el formato vectorial, que graba las instrucciones para generar la figura, en estos formatos, mientras mas resolución tiene la imagen, su tamaño es proporcionalmente. Los formatos mas usuales son:
- Tagged Image File Format (TIFF o tif)
- Joint Photographic Experts Group (JPEG, jpg)
- Graphics Interchange Format (GIF)
- Windows Bitmap (BMP)
Un ejemplo de imagen ráster es un mapa:
Visualmente, se puede compara una figura vectorial contra una raster, la figura del lado izquierdo es raster (tif) y la del lado derecho es pdf, observe el pixelado en la imagen ráster:
Para propósitos comparativos, la imagen raster del lado izquierdo (tiff) tiene un tamaño de 22,544 Kb, mientras que la imagen en pdf tiene un tamaño de apenas 7 kb.
Formatos Graficos en GGPLOT
Ggplot, a través de RStudio, permite grabar sus gráficas en diferentes formatos: png, jpg, tiff, bmp, metafile, svg, eps, y exportarlo como pdf. También se puede copiar la figura al portapapeles (clipboard) como metafile o bitmap.
Sin embargo, en los formatos raster, la resolución establecida es de 72 dpi (dots per inch o puntos por pulgada), y la mayoría de las revistas científicas de calidad piden las figuras raster con una resolución mínima de 300 dpi, y las gráficas vectoriales en formato eps o pdf.
Afortunadamente, ggplot2 contiene una función para grabar los imagenes en alta resolución, la función es ggsave. Instrucciones adicionales de como emplear esta función la encuentra en el
http://docs.ggplot2.org/current/ggsave.html
Otras alternativas para crear imagenes de alta resolución se encuentran en los siguientes sitios:
http://www.noamross.net/blog/2013/11/20/formatting-plots-for-pubs.html
http://thepoliticalmethodologist.com/2013/11/25/making-high-resolution-graphics-for-academic-publishing/
Sin embargo, ggsave es lo suficientemente flexible para generar gráficas de alta resolución.
Ejemplo
Lo primero es generar la figura:
figAC1<-ggplot(obs_insectos, aes(x=TEMP,y=DEV, shape=ESPECIE)) + geom_point(size= 6)+theme_bw() + geom_line(data= exp_insectos,aes(x= TEMP, y= DEV), size= 1) + labs(x= "TEMPERATURA °C", y="DESARROLLO (1/d)") + theme(text= element_text(size= 24))
Para grabar la imagen en pdf (el formato recomendable de imagenes vectoriales):
ggsave(filename="C:/Users/dr.joselopez/Desktop/figAC1s.pdf", width=20, height=15, units="cm")
El primer argumento es la ruta (opcional) y el nombre del archivo con su extensión, por omisión, ggsave graba en disco el último objeto gráfico generado en la consola, así que no es necesario incluir el nombre, si quiere grabar en el directorio de trabajo solamente escriba el nombre del archivo, p.ej. filename= "figAC1.pdf". Optativamente, es recomendable incluir el tamaño de ancho (width) y alto (height), así como las unidades de tamaño, en este caso cm.
Se se prefiere grabar en formato raster, por ejemplo tiff, entonces hay que declarar la resolución, en puntos por pulgada.
ggsave(filename="C:/Users/dr.joselopez/Desktop/figAC1.tiff", dpi=300)
Si se quiere declarar el tamaño en una imagen raster junto con la resolución, esto produce un conflicto y la imagen se distorsiona. Se recomienda ajustar la relación ancho por alto en el panel de la gráfica y grabar con una resolución establecida.
NOTA: para grabar en formato EPS, si no tiene fonts del sistema operativo (empleando la libreria extrafonts), es posible grabarlo con ggsave o bien con la ventana de dialogo de RStudio, sin embargo, si tiene tipos de letras extraídos del sistema, el proceso es mas complicado, el lector puede consultar la siguiente liga:
http://blog.revolutionanalytics.com/2012/09/how-to-use-your-favorite-fonts-in-r-charts.html
Un problema menor con los archivos eps es que existen pocos programas que puedan mostrar la imagen en pantalla, uno de ellos es EPS Viewer, que se puede descargar de:
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