COVID
Recherches en lien avec l'épidémie de COVID-19
MES PROJETS
CovPrehension
Membre du collectif CoVprehension, qui anime le site https://covprehension.org/ depuis le début du confinement en France.
Son objectif est de répondre, par la modélisation, à des questions que se posent les gens quant à l'épidémie de COVID-19 et aux mesures individuelles et collectives mises en œuvre.
Le simulateur en ligne
Understanding the current COVID-19 epidemic: one question, one model - collective paper in RofASSS
28 Avril 2020, Comprendre l'épidémie actuelle de COVID-19: une question, un modèle. Site de CORTE, PDF
CovPrehension sur le site de l'université de Rouen
Publication à ISCRAM 2022 sur la modélisation des stratégies de dépistage
SEEPIA
Projet SEEPIA porté par Didier Georges au GIPSA-Lab
Projet SEEPIA : ici
Article dans le Journal du CNRS
SIMULATEURS & DONNEES
Simulateurs en ligne
Par le collectif CovPrehension
Sur Washington Post
Outbreak, by Kevin Simler
Simulateur COVIDSIM-FR (IRD)
Scénarios avec pyramide des âges de différents pays
Prajwal Souza's Epidemic Simulation
Refugee Camp Simulator here
Serious game "People of the Pandemic", a pandemic in your backyard
What happens next? Nicky Case and Marcel Salathe : playable simulations
Reopening - Washingon Post
Interactive SEIR model of USA
Projets sur Github
GAMA Vietnam team : here
Pathogen.jl (GitHub, Arxiv) : simulation, visualization, and inference tools for modelling the spread of infectious diseases
Multi-level epidemiological model for COVID (Fabrice Rastello) : GitLab INRIA
Imperial College London Covid-sim : Github
Awesome coronavirus : github or project page
BDI-Pathogens (simulation of digital contact tracing) : paper and github
Gleamviz global epidemic and mobility modelling
Reza Sameni Epidemic Modelling
Ressources diverses, comics, podcasts, vidéos
Les podcasts du CNRS sur SoundCloud
3Blue1Brown : COVID-19 toy models, exponential growth
Online workshop 24 April : youtube
Mathematical modelling of COVID : YT
Vulgarisation scientifique contre le COVID : YT
Activités de La Main à la Pâte : pandémie
Dirty Biology : les prochaines pandémies YT
Différents tests de détection, sur KezaCovid (autres infographies sur KezaCovid )
Achats de panique ? Comprendre plus pour juger moins : YT
Mouvements de foule, panique et PQ sur Fouloscopie
Statistics tools
Data and visualisations
GeoGebra : visualisation interactive des valeurs prédictives (positive/négative) du test COVID selon sensibilité/spécificité du test et prévalence du virus
Données médicales, statistiques, en France
Taux de vaccination par département et classe d'âge : ici
Données d'hospitalisations / décès par sexe et région/département : ici
Données gouvernementales (SOS Médecins et urgences) par âge et département / région / France entière : ici
Données hospitalières Santé Publique France
INSEE : décès quotidiens par département, par région, et France entière
Surmortalité par département INSEE
Infos Covid en France : carte et données - dashboard
Nombre de lits d'hôpital disponibles par 1000 habitants : voir (choisir "soins curatifs") France: 3.1, Allemagne 6
Daily data on github
OpenCovid consolidation des données de sources officielles
DataCovid, baromètre Covid, avec infos CSP
New Cases by John Hopkins Uni
Infographies FranceTV
Données médicales, statistiques, dans le monde
Our World in Data : stats
Nextstrain Real-time tracking of pathogen evolution
IUSSP demography and COVID
Daily cases API
Meta-analysis of clinical studies on cohorts of COVID patients : CovidAnalytics
CovidTracking (testing data USA)
ICU beds availability icu
Worldometer : cases and mortality by country, number of tests...
Children and COVID : RIVM
Excess mortality by age group and country: euromomo
Excess death by country: the Economist
Données de mobilité et contacts
Google mobility report
SafeGraph impact of COVID on foot traffic
Enquête contacts de l'Institut Pasteur : ici
Facebook mobility and connectedness index and other data and tools
Compteurs de mobilité piétons et vélos à Grenoble http://data.eco-counter.com/ParcPublic/?id=120
Données INSEE consolidées "population présente sur le territoire avant et après le confinement"
Autres effets du confinement : dataconfinement
Résultats d'enquêtes
Données recensées par l'initiative MODCOV du CNRS
COVID-related publications map : dashboard
Visualising the history of pandemics: https://www.visualcapitalist.com/history-of-pandemics-deadliest/
Covid-19 dataset builder VectorSpace
Nielsen COVID insights (données de consommation)
https://covid-19.sante.gouv.fr/ressources
CoronaClic : données à destination des médecins généralistes
Animation des mesures de (dé)confinement dans le monde au fil des semaines
INED visualiser la population de demain
How the virus spread in the USA : NY Times
How the virus got out of China : NY Times
ARTICLES
Articles sur la simulation d'épidémies et sur le COVID, various reports and papers
En français
Eric Daudé sur le Journal du CNRS ici
Les modèles épidémiques, tout un cinéma. The Conversation
Les bases des modèles mathématiques des épidémies: The Conversation
The Conversation (articles en français) : ici
Chronologie de la gestion de crise : go
Rapport Oxfam Le prix de la dignité
Le virus de la recherche, collection de textes, PUG
Observatoire des inégalités : qui est touché par le COVID
Surmortalité par région, âge, sexe : Le Monde
Coronavirus territoires espaces, Consultation francophone sur les impacts sociaux et spatiaux du Covid 19 : CORTE
Introduction et circulation initiale en France : Institut Pasteur
L'impossible calcul du taux de mortalité ici (3.4% de décès selon l'OMS, 15.2% selon The Lancet)
Du confinement au marquage vert : La Recherche
Rapports de l'ESADE sur le marquage vert pour le déconfinement et le tourisme européen entre zones vertes
La difficile équation entre science et politique : The Conversation
Certificat d'immunité et statistiques: billet court - article
Santé mentale et COVID, Bulletin Epidémio Hebdo
Les réflexions de nos chercheurs : LAMSADE
TD épidémio avec R : Hamelin
Stochasticité et épidémie de COVID : U. Montpellier
En anglais
General papers
Models that matter, JASSS
Modelling for policy, Plos One
JASSS COVID thread on RofASSS (review of Artificial Societies and Social Simulation)
Democratically accountable modelling (B. Edmonds) RofASSS
The policy context of COVID19 agent-based modelling RofASSS
Mathematical models : Arxiv
COVID: a basic playbook (4 future scenarios): Medium
The Mathematics of predicting the course of COVID : Wired
Mapping the landscape of AI applications against COVID https://covid-data.fr/media/papers/arxiv-_mappingAI.pdf
Simulating various interventions
Impact of non-pharmaceutical interventions : pdf
More reports from Imperial College London : here
Epicx lab reports
Fast multi-shot interventions for post lockdown mitigation PDF
Estimating the burden of SARS-CoV-2 in France : HAL
One month impact of French lock down on epidemic burden : PDF
Can't I please just visit one friend? network visualisation (short answer: no)
Pitfalls of selective testing : link
Spatiotemporal epidemic model to quantify the effect of contact tracing, testing, and containment (Lorch et al, ETH Zurich): PDF
Cyclic exit strategies from lockdown : pdf
Alternating quarantine pdf
Lockdown exit strategies and risk of second peak: medrxiv
Epidemiology
Temporal dynamics : Nature
Estimating clinical severity: age-specific susceptibility to symptomatic infection - Nature
Estimates of the severity of COVID-19 : "we estimate an infection fatality ratio of 0.66%" (The Lancet Infectious Diseases, pdf )
Global prediction of unreported SARS-CoV2 infection from observed COVID-19 cases (Chow et al): paper (infection fatality rate in NY 0.8%)
What proportion are asymptomatic? CEBM
Viral load per patient age PDF
Introduction and early spread medrxiv (importance of asymptomatic people in spread)
Contacts estimation
Quantifying interpersonal contacts : Medrxiv
Contacts in France : Plos One
Crowding and epidemic intensity of transmission medrxiv ( "Densely-populated cities worldwide may experience more prolonged epidemics" that can be shortened with rigorous measures but maybe hard to implement)
Projecting social contacts matrices: Plos One
Social Contacts and Mixing Patterns Relevant to the Spread of Infectious Diseases : Plos One
The French Connection: The First Large Population-Based Contact Survey in France Relevant for the Spread of Infectious Diseases: Plos One
Ressources sur le traçage de contacts
Privacy-first contact tracing, by Nicky Case
Collections de liens, sites de veille