COVID

Recherches en lien avec l'épidémie de COVID-19

MES PROJETS

CovPrehension

Membre du collectif CoVprehension, qui anime le site https://covprehension.org/ depuis le début du confinement en France.

Son objectif est de répondre, par la modélisation, à des questions que se posent les gens quant à l'épidémie de COVID-19 et aux mesures individuelles et collectives mises en œuvre.

    • Le simulateur en ligne

    • Understanding the current COVID-19 epidemic: one question, one model - collective paper in RofASSS

    • 28 Avril 2020, Comprendre l'épidémie actuelle de COVID-19: une question, un modèle. Site de CORTE, PDF

    • CovPrehension sur le site de l'université de Rouen

    • Publication à ISCRAM 2022 sur la modélisation des stratégies de dépistage

SEEPIA

Projet SEEPIA porté par Didier Georges au GIPSA-Lab

SIMULATEURS & DONNEES

Simulateurs en ligne

Projets sur Github

    • GAMA Vietnam team : here

    • Pathogen.jl (GitHub, Arxiv) : simulation, visualization, and inference tools for modelling the spread of infectious diseases

    • Multi-level epidemiological model for COVID (Fabrice Rastello) : GitLab INRIA

    • Imperial College London Covid-sim : Github

    • SimAssocc project and Github

    • Awesome coronavirus : github or project page

    • BDI-Pathogens (simulation of digital contact tracing) : paper and github

    • CovidModel, trained on real world data: model and web

Ressources diverses, comics, podcasts, vidéos

Statistics tools

    • Outil d'estimation du nombre de reproduction temporel

    • R0 computation tool in R (CRAN)

Data and visualisations

    • GeoGebra : visualisation interactive des valeurs prédictives (positive/négative) du test COVID selon sensibilité/spécificité du test et prévalence du virus

ARTICLES

Articles sur la simulation d'épidémies et sur le COVID, various reports and papers

En français

En anglais

  • General papers

  • Simulating various interventions

    • Impact of non-pharmaceutical interventions : pdf

    • More reports from Imperial College London : here

    • Epicx lab reports

    • Fast multi-shot interventions for post lockdown mitigation PDF

    • Estimating the burden of SARS-CoV-2 in France : HAL

    • One month impact of French lock down on epidemic burden : PDF

    • Can't I please just visit one friend? network visualisation (short answer: no)

    • Pitfalls of selective testing : link

    • Spatiotemporal epidemic model to quantify the effect of contact tracing, testing, and containment (Lorch et al, ETH Zurich): PDF

    • Cyclic exit strategies from lockdown : pdf

    • Alternating quarantine pdf

    • Lockdown exit strategies and risk of second peak: medrxiv

  • Epidemiology

    • Temporal dynamics : Nature

    • Epidemiological and clinical features: PubMed Wiley

    • Estimating clinical severity: age-specific susceptibility to symptomatic infection - Nature

    • Estimates of the severity of COVID-19 : "we estimate an infection fatality ratio of 0.66%" (The Lancet Infectious Diseases, pdf )

    • Global prediction of unreported SARS-CoV2 infection from observed COVID-19 cases (Chow et al): paper (infection fatality rate in NY 0.8%)

    • What proportion are asymptomatic? CEBM

    • Viral load per patient age PDF

    • Introduction and early spread medrxiv (importance of asymptomatic people in spread)

  • Contacts estimation

    • Quantifying interpersonal contacts : Medrxiv

    • Contacts in France : Plos One

    • Crowding and epidemic intensity of transmission medrxiv ( "Densely-populated cities worldwide may experience more prolonged epidemics" that can be shortened with rigorous measures but maybe hard to implement)

    • Projecting social contacts matrices: Plos One

    • Social Contacts and Mixing Patterns Relevant to the Spread of Infectious Diseases : Plos One

    • The French Connection: The First Large Population-Based Contact Survey in France Relevant for the Spread of Infectious Diseases: Plos One

Ressources sur le traçage de contacts

Collections de liens, sites de veille