一、專書 Book
邱偉雲：《中國近代平等觀念的形成（1895-1915）》The Formation of "Equality" Concept in Modern China（1895-1915）（臺北：新文豐出版公司，2015年9月）。ISBN： 9789571722245。【本書由博士論文改寫而成，榮獲104年度科技部人文社會科學研究中心人文及社會 科學專書出版補助】【書摘】 【黃興濤、朱星星：〈2015年清史研究綜述〉，《清史研究》第4期（2016年11月），頁132。】【第一章 緒論 下載點】
邱偉雲：〈中國近代平等觀念的形成(1895‐1915)—以康有為、嚴復、章太炎為中心〉（臺北：政治大學中國文學系博士論文，2013年5月）【本論文榮獲臺灣中文學會第一屆四賢博士論文獎第二名（2013年）】
二、期刊論文 Journal Papers
徐鶯、邱偉雲（通讯作者）：〈虛齋與佛利爾的中國畫收藏——基於圖錄與畫名的 N-gram 藏品分析〉，《故宫博物院院刊》2021年第5期（第229期），頁67-80。(CSSCI)
邱偉雲：〈概念群的研究實踐——評方維規《概念的歷史分量：近代中國思想的概念史研究》 〉，《中國圖書評論》2020年第11期。(CSSCI)
邱偉雲、鄭文惠：〈走向新世界：中國近代「世界」概念的形成與演變〉，《南京大學學報(哲學·人文科學·社會科學)》2020年第5期，頁88-106。(CSSCI) 。《人大複印資料‧中國近代史》2021年第2期轉載；《新華文摘》 2021年第7期摘編。
邱偉雲：〈天道、公道、人道：數碼人文視野下中國近代「道」的 概念轉型與變遷研究〉，《新亞學報》（香港）第37卷（2020年8月），頁427-508。
邱偉雲：〈中國近代天道概念的形成與演變 ─ 基於數位人文視野〉，《中國文哲研究通訊》（台北），2020年第2期，頁31-68。
邱偉雲、嚴程：〈心寄樂園，凝望人間：中唐詩空間方位的數字人文研究〉，《西南民族大學學報（人文社科版）》2020年第8期，頁161-171。(CSSCI) 本文係國家社會科學基金重大項目「基於大數據技術的古代文學經典文本分析」( 18ZDA238) 、國家自然科學基金面上項目「《全唐詩》邊塞詩中景觀認知的數字化信息挖掘和平台研究」( 51978448) 階段性成果。
邱偉雲：〈論數字人文研究中可視化數據的意義與價值——以數字概念史研究為例〉，《文藝理論與批評》2020年第2期，頁23-29。(CSSCI) 本文係教育部人文社會科學研究規劃基金項目「數字人文視野下中國近代『道』的概念的轉型與變遷」( 項目號:19YJA770012) 的階段性成果。【微信閱讀版】
邱偉雲、劉昭麟：〈城市知名度網絡的數字人文研究——以《人民日報》（1946-2016）中深圳主題報道為例〉，收於劉石、孫茂松、顧青主編：《數字人文：創刊號》（北京：中華書局，2020年1月），頁76-108。本文為深圳大學城圖書館數字人文學術研究計劃資金資助(UTSZ2017DHA01)階段性成果。
鄭文惠、邱偉雲：〈數位人文視野下近代中國「新/舊」話語的交鋒與激辯〉，《清華中文學報》2019年第22期，第173-246頁。 (CSSCI) （THCI ）本文係山東大學基本科研業務費專項資金資助項目「數字人文視野下中國近代多元現代性話語體系構建研究」( 項目號:2017TB0013)暨教育部人文社會科學研究規劃基金項目「數字人文視野下中國近代『道』的概念的轉型與變遷」( 項目號:19YJA770012) 的階段性成果。
邱偉雲：〈詞彙、概念、話語：數字人文視野下中國近代「美」之觀念的建構與再現〉，載周憲主編：《藝術理論與藝術史學刊（第3輯）》，北京：中國社會科學出版社，2019年10月。
邱偉雲：〈判別數字人文的兩個準則〉，《澳門理工學報》2019年第4期，第137-139頁。《人大複印資料•社會科學總論》2019年第4期轉載。 本文係教育部人文社會科學研究規劃基金項目「數字人文視野下中國近代『道』的概念的轉型與變遷」( 項目號:19YJA770012) 的階段性成果。
邱偉雲：〈驗證、修正、創新：數字史學方法的三重功能〉，《南京大學學報(哲學·人文科學·社會科學)》2019年第2期，第87-90頁。(CSSCI) 《中國社會科學文摘》2019年第8期轉載。
金觀濤、劉青峰、邱偉雲：〈中國現代主權觀念形成的數位人文研究〉，《二十一世紀雙月刊》2019年第172期，第49-67頁。
邱偉雲：〈數位人文浪潮中的國學研究〉，《國文天地雜誌》2019年第407期，第85-90頁。
邱偉雲、金觀濤、劉青峰、劉昭麟：〈中國近代平等觀念形成之數字人文研究：以報刊為中心〉，《清華大學學報（哲學社會科學版）》2018年第6期，第1-33頁。(CSSCI) 《高等學校文科學術文摘》2019年第1期轉摘，第108-109頁。《人大複印資料•中國近代史》2019年第1期轉載。 【微信圖文摘要版】。本文係山東大學基本科研業務費專項資金資助項目「數字人文視野下中國近代多元現代性話語體系構建研究」( 項目號:2017TB0013)的階段性成果。
邱偉雲：〈觀念、語言、權力：中國近代平等概念譬喻的政治再現〉，《東亞觀念史集刊》第14期，2018年6月。 （THCI ）
邱偉雲、梁穎誼、許翰笙：〈數位人文視野下的歷史分期法：以《人民日報》(1946-2016)中深圳主題報導為例〉，《圖資與檔案學刊》 第10卷第1期（2018年6月），第22-43頁。
Wei-Yun Chiu, Wen-Huei Cheng. "New Citizen": the Formation and Evolution of the Concept of "Citizenship" in Modern China. Concepts and Contexts in East Asia N0.5（2016.12）, pp.121-151.
Wen-Huei Cheng, Wei-Yun Chiu. “From Concept to Concept Clustering: The Formation and Interaction of the Concepts of “Nation” and “Education”in Xin Min Cong Bao”. Concepts and Contexts in East Asia N0.5（2016.12）, pp.5-54.
金觀濤、劉青峰、邱偉雲：〈《新青年》的數位人文研究〉，收於思想史編委會編著：《思想史 5》（臺北：聯經，2016年9月），頁283-309，http://www.books.com.tw/products/0010703922?loc=P_034_005。
鄭文惠、邱偉雲：〈從「概念」到「概念群」：《新民叢報》中「國家」與「教育」觀念的互動與形塑〉，《東亞觀念史集刊》第10期（2016年6月），頁37-102。 （THCI ）
邱偉雲：〈歷史真實的追尋者─金觀濤與劉青峰教授的學思歷程〉，《國文天地》第356期（2015年1月），頁107-114。
邱偉雲：〈遊戲神通、禪定洗心、魔考聖化：論佛教經典中的「靜室」空間意識〉，《逢甲人文社會學報》第29期（2014年12月），頁41-64。
邱偉雲：〈中國：觀念類型之認同形成與重構現象 〉，《東亞觀念史集刊》第1期（2011年11月），頁301-326。
Chao-Lin Liu(劉昭麟), Guantao Jin(金觀濤), Qingfeng Liu(劉青峰), Wei-Yun Chiu(邱偉雲), and Yih-Soong Yu(姚育松). Some chances and challenges in applying language technologies to historical studies in Chinese(自然語言處理技術之於中文史學研究的機會與挑戰), International Journal of Computational Linguistics and Chinese Language Processing, 16(1-2), 2011.6, pp.27‒46.
邱偉雲：〈試論船山轉化性詮釋之思維模式：以船山思想與佛學思想轉化為例〉，《新世紀宗教研究》第9卷第4期（2011年6月），頁29-60。
邱偉雲：〈記憶、身體、空間：論丁雲鵬《三教圖》之文化意涵〉，《新世紀宗教研究》第9卷第2期（2010年12月），頁31-58。
邱偉雲：〈身體、權力、記憶—觀看文昌信仰系統之文化展演與社會意義〉，《新世紀宗教研究》第7卷第3期（2009年3月），頁153-196。
邱偉雲：〈丘濬生平事跡考辨—「劉文泰誣奏案」之流傳及辨正〉，《國文學報》第4期（2006年6月 ），頁31-54。
邱偉雲：〈運《易》於教—論丘濬對《周易》教化思想之闡發〉，《問學》第10期（2006年6月），頁39-61 。
邱偉雲：〈中國非凡人物出生意象析論〉，《問學》第9期（2005年12月），頁17-42。
邱偉雲：〈古哲今用—郭象獨化論之當代詮釋〉，《國文天地》第251期（2006年4月），頁32-37。
邱偉雲：〈「大成若缺」留白藝術及其語文教學〉，《國文天地》第247期（2005年12月），頁82-87。
三、專書/論文集章節 Book Chapters
邱偉雲：〈中國傳統中的「罪過」觀念研究：以《尚書》為中心〉，收入曾振宇編：《曾子學刊（第二輯）》（上海：三聯文化傳播有限公司，2020年），頁76-88。
張伯江、邱偉雲、劉京臣、鄭永曉、施愛東、陳定家、趙稀方、戴安德、董炳月、嚴程、趙薇、何吉賢、湯俏：〈數字人文時代的中國文史研究〉，收入《人文》編輯部編：《人文.第二卷》（北京：中國社會科學出版社，2019年），頁113-141。
邱偉雲、金觀濤、劉青峰、劉昭麟、黃植琨：〈數位人文視野下的儒學研究〉，收入郭齊勇主編：《當代新儒家與當代中國和世界》（貴陽：孔學堂書局有限公司，2017年9月），頁96-113，ISBN：978-7-80770-081-4。
金觀濤、邱偉雲、梁穎誼、陳柏聿、沈錳坤、劉青峰：〈觀念群變化的數位人文研究— 以《新青年》為例〉，收於項潔主編：《數位人文：在過去、現在和未來之間》（臺北：臺灣大學出版中心，2016年12月），頁427-463。ISBN： 978-986-350-198-5。
鄭文惠、邱偉雲、劉昭麟、林書佑：〈概念關係的數位人文研究— 以《新青年》中的「世界」觀念為考察核心〉，收於項潔主編：《數位人文：在過去、現在和未來之間》（臺北：臺灣大學出版中心，2016年12月），頁57-101。ISBN： 978-986-350-198-5。
鄭文惠、劉昭麟、邱偉雲、許筑婷：〈情感現象學與色彩政治學—中唐詩歌白色抒情系譜的數位人文研究〉，收於項潔主編：《數位人文：在過去、現在和未來之間》（臺北：臺灣大學出版中心，2016年12月），頁207-257。ISBN： 978-986-350-198-5。
邱偉雲：〈山神與變虎：《點石齋畫報》中貴州區域文化與佛教文化的雙重展演〉，收於王路平主編：《《貴州佛教傳承與區域文化創新》慧海法師百年誕辰紀念學術論壇文集》（ 香港：九江文化出版公司，2016年11月）。ISBN：978-988-14333-8-1。
金觀濤、邱偉雲、劉昭麟：〈「共現」詞頻分析及其運用－以「華人」觀念起源為例〉，收入項潔等主編：《數位人文要義：尋找類型與軌跡》（臺北：台灣大學出版中心，2012年11月），頁141-170。ISBN：978-986-03-4236-9。
劉昭麟、金觀濤、劉青峰、邱偉雲、姚育松：〈自然語言處理技術於中文史學文獻分析之初步應用〉，收入項潔等主編：《數位人文要義：尋找類型與軌跡》（臺北：台灣大學出版中心，2012年11月），頁61‒82。 ISBN：978-986-03-4236-9。
邱偉雲：〈疾病圖譜、醫者想像、公共參與：試論《點石齋畫報》中民間宗教之文化展演〉，收於政治大學文學院編：《陳百年先生學術論文獎論文集》【第八期】（臺北：政治大學，2012），頁113-138。 ISBN：978-986-03-1776-3。
邱偉雲：〈文化他者、宗教他者與庶民他者──論晚清《點石齋畫報》（1884-1898 年）中佛教形像的三重建構〉，收於高雄師範大學國文系編：《鶴山 21 世紀國際論壇宗教論壇論文集》（ 臺北：普音文化事業公司 ，2011年6月）。ISBN 978-957-95-4788-8。
邱偉雲：〈關鍵詞叢與文本意義挖掘的嘗試：以《清季外交史料》為例〉，收入項潔等主編：《數位人文在歷史學研究的應用》（臺北：台灣大學出版中心，2011），頁159-188。ISBN：978-986-03-0163-2。
邱偉雲：〈丘濬理學及史學思想研究〉（高雄：高雄師範大學國文學系碩士論文，2007年7月）。
邱偉雲：〈「芟夷譎詭，採其雕蔚」--建構韓愈讖緯思想與古文創作之會合路徑〉，收於第十二屆臺灣師範大學國文學系研究生學術論文研討會籌備小組[編] ：《思辨集. 第九集：臺灣師範大學國文學系研究生論文發表會會議論文集. 第十二屆 》（臺北：師大國文系，2006年 7月）。ISBN：978-957-75-2491-1。
四、研討會論文 Conference Papers
邱偉雲：〈術語、圖像、規模：論數字人文研究成果的書寫範式轉移〉，南京大學高研院數字人文創研中心主辦，2020年9月12日。
邱偉雲：〈數字人文研究中的兩種史學研究路徑：計量史學與計算史學的異同〉，北京數字人文國際工作坊，《數字人文》編輯部主辦，2019年12月15日。【會議報導】
邱偉雲：〈數字人文視野下中國近現代藝術概念史研究的新方法與新方向：兼論數字概念史方法〉，中國近現代藝術史國際學術研討會，中國美術學院潘天壽紀念館主辦，2019年12月5-6日。
邱偉雲：〈數字與人文的結合：新文科視野下數字史學課程芻議〉，跨學科的歷史教學工作坊，山東大學歷史文化學院主辦，2019年10月 26日。【會議報導】
邱偉雲：〈平等〉，第五屆鍾山論壇亞太社會文化分論壇：概念史大辭典編纂工作學術研討會，南京大學政府管理學院、學衡研究院、自貿區綜合研究院、社會科學處等院系單位聯合主辦，2019年10月23-24日。
邱偉雲、嚴程：〈危機或轉機：數字人文視野下文學性的發展與延異〉，首屆科技人文國際學術研討會-「數字人文與文學性」分論壇，上海交通大學主辦，2019年10月10日至13日。
邱偉雲：〈數字人文視野下歷史記憶的建構與再現：以《清季外交史料》（1875-1911）中的涉日記憶為例〉，歷史記憶與概念傳播國際學術研討會，東亞文化傳統及其現代轉型計畫、政大華人文化主體性研究中心聯合主辦，2019年10月4日至5日。
邱偉雲：〈主題模型與歷史記憶：數字人文視野下數字記憶史研究理論方法芻議〉，政治大學『文本探勘.圖像標記：數位工具與人文詮釋』國際工作坊，政治大學華人文化主體性研究中心、政治大學高教深耕「東亞文化傳統及其現代轉型」國際拔尖計畫聯合主辦，2019年10月3日。
邱偉雲：〈數字人文視野下中國近代「人」觀的建構與再現〉，何以為「人」？何以為「文」？明末至近代中國文化與兩度西潮國際學術研討會，義大利羅馬大學（Sapienza University of Rome）東方學系、臺灣政治大學文學院「數位人文研究中心」暨高教深耕「東亞文化傳統及其現代轉型」國際拔尖計畫、臺灣中央研究院中國文哲研究所、南京大學學衡研究院、日本關西大學東西學術研究所聯合主辦，2019年9月2日至3日。
鄭文惠、邱偉雲：〈觀念史∕概念史與巨觀考古學：中國近代「文」觀的建構與再現〉，何以為「人」？何以為「文」？明末至近代中國文化與兩度西潮國際學術研討會，義大利羅馬大學（Sapienza University of Rome）東方學系、臺灣政治大學文學院「數位人文研究中心」暨高教深耕「東亞文化傳統及其現代轉型」國際拔尖計畫、臺灣中央研究院中國文哲研究所、南京大學學衡研究院、日本關西大學東西學術研究所聯合主辦，2019年9月2日至3日。
邱偉雲：〈從天到公，從公到人：數字人文視野下中國近代「道」的概念的轉型與變遷研究〉，敦煌(DH2019)文化遺產數字化國際研討會暨中國社會科學情報學會數字人文專委會學術年會，敦煌研究院、中國社會科學情報學會數字人文專業委員會聯合主辦，2019年7月4日至8日。
邱偉雲：〈道的公共化：數字人文視野下中國近代「公道」概念的形成與演變研究〉，百年回顧：文化與文學國際學術研討會，中國人民大學文學院主辦，2019年6月30日至7月1日。【會議報導：上、中、下】
邱偉雲：〈詩文與小說：數字人文視野下的文學世界〉，數字人文時代的文學研究學術研討會暨第五屆學術期刊文學編輯論壇，全國高校文科學報研究會主辦，《河南大學學報》編輯部、文學院、《漢語言文學研究》編輯部承辦，2019年5月25-26日。
邱偉雲：〈語言轉向與數字轉向——數字人文視野下中國思想史研究法的本土化路徑與特點〉，比較視野中的數字人文反思學術研討會，南京大學高研院數字人文創研中心主辦，2019年4月28日。
邱偉雲、鄭文惠：〈走向新世界：數位人文視野下中國近代世界概念的形成與演變研究〉，異域、他國與世界想像：近現代文學與文化研究國際學術研討會，國立清華大學中文系，2018年12月27至29日。
鄭文惠、邱偉雲：〈數字人文視野下中國近代「新/舊」話語的激辯與交鋒〉，中國文學與文化研究範式新探索國際學術研討會，復旦大學中華文明國際研究中心、復旦大學古籍整理研究所主辦，2018年12月8-9日。
邱偉雲：〈道的失能：數位人文視野下中國近代「天道」概念變遷研究〉，從人文到數位人文：華人文化研究新趨勢與新方法國際工作坊，國立政治大學華人文化主體性研究中心主辦，2018年11月28日。
邱偉雲：〈詞彙、概念、話語：數字人文視野下中國近代「美」觀的建構與再現〉，藝術•科學•思想——山水書法研究的新視角學術研討會，中國美術學院中國思想史與書畫研究中心、中國美術學院視覺中國協同創新中心主辦，2018年11月2日至5日。【澎湃新聞報導】
邱偉雲：〈老天津與洋天津：《點石齋畫報》中天津形象的雙層再現〉，中國與世界：多元視野下的中國城市史學術研討會，中國城市史研究會、四川大學歷史文化學院、四川師範大學文化教育高等研究院主辦，2018年10月27日至28日。
邱偉雲：〈詞彙、觀念、行動：近代東亞文化交涉中「良心」觀的學習與重構〉，現代視域中的東亞文化國際學術研討會，山東大學中國詮釋學研究中心、山東大學哲學與社會發展學院主辦，2018年4月24日至27日。
邱偉雲：〈道的多元現代性：中國近代「人道」概念變遷研究〉，概念史研究的亞洲轉向——中國現代政治-社會關鍵概念研討會，南京大學學衡研究院主辦，2018 年 3 月 24—25 日。
邱偉雲、梁穎誼：〈歷史分期的數位人文研究：以《人民日報》（1946-2016）中深圳主題報導為例〉The Digital Humanities Research on The method of division of historical periods：Focusing on the “Shenzhen”News Report in People's Daily，第八屆數位典藏與數位人文國際學術研討會，政治大學數位人文團隊主辦，2017年11月29日至12月1日。
徐鶯、邱偉雲：〈圖錄與畫題的數位人文分析：佛利爾先生的中國畫想象〉Digital Humanistic Analysis of Catalogue and the Theme: Charles Lang Freer’s Chinese Painting Imagination，第八屆數位典藏與數位人文國際學術研討會，政治大學數位人文團隊主辦，2017年11月 29日至12月1日。
邱偉雲：〈天道與人道：中國近代多元現代性視野下「道」之觀念的演變與發展〉，文與道：漢語世界的文化與詮釋國際學術研討會，政治大學中國文學系、臺灣中文學會主辦，2017年10月27日至28日。
邱偉雲：〈數字人文視野下中國近代「未來」觀的建構與再現〉，數字人文：大數據時代學術前沿與探索學術研討會，南京大學社會科學處、南京大學人文社會科學高級研究院、南京大學歷史學院主辦，2017年7月1日至2日。
邱偉雲：〈跨越範式：數位人文之人才培育及其多元挑戰〉Cross-Paradigm: Talent Development and Its Multiple Challenges in the Digital Humanity Field，2016第七屆數位典藏與數位人文國際研討會，國立臺灣大學數位人文研究中心主辦，2016年12月1日至3日。【會議報導】
邱偉雲、金觀濤、劉青峰、鄭文惠：〈《中庸》注疏思想史的數位人文研究—宋明理學的形成和演變〉The Digital Humanities Study on the Exegesis of The Doctrine of the Mean—Focuses on the Formation and Evolution of the Neo Confucianism，2016第七屆數位典藏與數位人文國際研討會 (poster)，國立臺灣大學數位人文研究中心主辦，2016年12月1日至3日。
邱偉雲、鄭文惠：〈「新」的激變與交鋒：中國現代性形成的數位人文研究〉The Interaction and Conflict of "New": A Digital Humanities Study of Chinese Modernity，2016第七屆數位典藏與數位人文國際研討會 (poster)，國立臺灣大學數位人文研究中心主辦，2016年12月1 日至3日。
鄭文惠、余清祥、顏靜馨、郁嘉綾、邱偉雲：〈《全唐詩》顏色光譜學的數位人文研究〉A Digital Humanities Study of Color Symbolism in Quan Tangshi，2016第七屆數位典藏與數位人文國際研討會 (poster)，國立臺灣大學數位人文研究中心主辦，2016年12月1日至3日。
邱偉雲：〈觀念的鬥爭：論中國近代平等論述中政治修辭與隱喻結構的多重展演〉，語言的權力，權力的語言：概念/觀念史圖像中的文學、政治與歷史國際學術研討會，政治大學主辦，2016年11月18-19日。
鄭文惠、邱偉雲：〈概念分群結構視野與方法下的思想探索：《新民叢報》「國家」與「教育」觀念的互動與形塑〉，第二屆鍾山論壇·亞太發展年度論壇，南京大學亞太發展研究中心、江蘇省發改委、江蘇省政府金融辦共同主辦，2016年10月30日。
鄭文惠、邱偉雲：〈觀念‧事件‧行動：《新青年》婦女觀念及其變化軌跡〉，數位時代的近代中國婦女史研究國際學術研討會，中央研究院近代史研究所主辦，2016年8月10-11日。
邱偉雲、鄭文惠：〈「新國民」：中國近代國民觀念的形成與演變研究〉，數位人文學與概念史的未來國際研討會，韓國翰林大學翰林科學院主辦，2016年5月12-13日。
鄭文惠、邱偉雲：〈從「概念」到「概念群」- 《新民叢報》中「國家」與「教育」觀念的互動與形塑〉，數位人文學與概念史的未來國際研討會，韓國翰林大學翰林科學院主辦，2016年5月12-13日。
邱偉雲、金觀濤、劉青峰、劉昭麟、黃植琨：〈數位人文視野下的儒學研究〉，當代新儒家與當代中國和世界學術研討會，黃岡師範學院、黃岡市委宣傳部、湖北省政府文史館、湖北國學館、武漢大學國學院、台灣鵝湖人文書院主辦，2016年3月25日至3月28日。
鄭文惠、劉昭麟、邱偉雲、許筑婷：〈情感現象學與色彩政治學：中唐詩歌白色抒情系譜的數位人文研究〉，2015第六屆數位典藏與數位人文國際研討會，臺灣大學數位人文研究中心主辦，2015年11月30日至12月2日。
鄭文惠、邱偉雲、劉昭麟、林書佑：〈概念關係的數位人文研究：以《新青年》中的「世界」觀念為考察核心〉，2015第六屆數位典藏與數位人文國際研討會，臺灣大學數位人文研究中心主辦，2015年11月30日至12月2日。
邱偉雲、鄭文惠：〈從「國民」到「新國民」：中國近代國民觀念的形成與演變研究〉，2015 兩岸及日韓年輕學者論壇：東亞語言、歷史、文學、思想的環流，日本關西大學亞洲文化研究中心主辦，2015年11月27-28日。
劉昭麟、張淳甯、許筑婷、鄭文惠、王宏甦、邱偉雲：〈《全唐詩》的分析、探勘與應用：以計算語言學的觀點〉，全球視野下的漢學新藍海國際研討會，國家圖書館漢學研究中心、中央研究院數位文化中心，2015年11月19-20日。
Chao-Lin Liu(劉昭麟), Hongsu Wang (王宏甦), Chu-Ting Hsu (許筑婷), Wen-Huei Cheng (鄭文惠), and Wei-Yun Chiu (邱偉雲). Color aesthetics and social networks in complete Tang poems: Explorations and discoveries, Proceedings of the Twenty-Ninth Pacific Asia Conference on Language, Information and Computation (PACLIC 29), 000‒000. Shanghai, China, 30 October-1 November 2015.
Chao-Lin Liu(劉昭麟), Guantao Jin (金觀濤), Hongsu Wang (王宏甦), Qingfeng Liu (劉青峰), Wen-Huei Cheng (鄭文惠), Wei-Yun Chiu (邱偉雲), Richard Tzong-Han Tsai (蔡宗翰), and Yu-Chun Wang (王昱鈞). Textual analysis for studying Chinese historical documents and literary novels, Proceedings of the Fourth ASE International Conference on Social Informatics (SocialInformatics 2015). Kaohsiung, Taiwan, 7-9 October 2015.
劉昭麟、張淳甯、許筑婷、鄭文惠、王宏甦、邱偉雲：〈《全唐詩》的分析、探勘與應用－風格、對仗、社會網路與對聯〉，《第廿七屆自然語言與語音處理研討會論文集 (ROCLING XXVII)》The 2015 Conference on Computational Linguistics and Speech Processing，臺灣新竹，2015年10月1-2日，頁43-57。
金觀濤、邱偉雲、梁穎誼、陳柏聿、沈錳坤、劉青峰：〈觀念群變化的數位人文研究-以《新青年》為例〉，2014第五屆數位典藏與數位人文國際研討會，中研院數位文化中心、臺大數位人文研究中心主辦，2014年12月1日至2日。
王昱鈞、邱偉雲、吳俊鍇、呂翊瑄、蔡宗翰、金觀濤：〈基於人時地物脈絡之漢文歷史事件描述辨識方法：以清季外交史料為例〉，第五屆數位典藏與數位人文國際研討會 (poster)，中研院數位文化中心、臺大數位人文研究中心主辦，2014年12月1日至2日。
Chao-lin Liu, Guan-tao Jin(金觀濤), Peter K. Bol(包弼德), Qing-feng Liu(劉青峰), Wen-huei Cheng (鄭文惠), Wei-Yun Chiu(邱偉雲), Richard Tzong-Han Tsai(蔡宗翰), and Yu-Chun Wang(王昱鈞). Some examples of text analysis for studying Chinese history and literature, presented at the CSAC Workshop 2014 (poster). Osaka, Japan, 21-22 November 2014.
邱偉雲、梁穎誼、金觀濤、劉昭麟：〈中國近代「國民」觀念形成之數位人文研究—以《新民叢報》與《新青年》為例〉，「研究用コーパスとディジタル人文研究東アジア近現代観念の変遷と形成」（研究型數據庫與數位人文研究：東亞近現代觀念的形成與演變）國際工作 坊，臺灣政治大學、日本關西大學、韓國翰林大學主辦，2014年11月21-22日。
邱偉雲、梁穎誼、金觀濤、劉青峰、劉昭麟：〈從天下到萬國：中國近代主權觀念形成的數位人文學研究〉，2014全球視野下的中國近代史研究國際學術研討會，中央研究院近代史研究所、二十世紀中國史學會（HSTCC）主辦，2014年8月11-13日。
鄭文惠、邱偉雲、劉昭麟：〈近代中國「國家」觀念的形成與演變—以《新民叢報》與 《新青年》為主〉，2014全球視野下的中國近代史研究國際學術研討會，中央研究院近代史研究所、二十世紀中國史學會（HSTCC）主辦，2014年8月11-13日。
Wei-Yun Chiu, Ying-Yee Liang, Guan-tao Jin, Qing-feng Liu, Chao-lin Liu, “Ideas, Events, and Actions: the Digital Humanity Study of the Concept of “Zhuquan”(主權, monarchical power/ sovereignty/ Party-state power) Formation in Modern China” 「20th Biennial Conference of the EACS 2014」, European Association of Chinese Studies(EACS)、 University of Minho and the University of Coimbra, 22-26 July 2014.
Wen-huei Cheng, Wei-Yun Chiu, Chao-lin Liu, “Ideas, Events, Actions: the Digital Humanities Study of the Concept of “guojia”(國家Country/nation/state) Formation in Modern China"「20th Biennial Conference of the EACS 2014」, European Association of Chinese Studies(EACS)、 University of Minho and the University of Coimbra, 22-26 July 2014.
Cheng Wenhuei, Yang Juisung, Chiu WeiYun; Liu Chaolin, Jin Guantao, Liu Qingfeng,“Ideas, Events and Actions: The Digital Humanity Study of the Concept Formation in Modern China”「DH 2014」，Co-organized by ADHO，8-12 July 2014.
邱偉雲：〈轉型時代中傳統文人的文化混生敘事：以康有為、嚴復、 章太炎的平等觀念為例〉，「民國風雅：現代中國的古典詩學與文人傳統」學術研習營，蔣經國國際學術交流基金會、中國宋慶齡基金會、臺灣大學中文系、復旦大學中文系，2012年12月14-16日。
邱偉雲、金觀濤、劉青峰、劉昭麟：〈近代中國觀念轉型過程之數位考察：以戊戌思潮、學習階段與重構階段平等觀念為考察對象〉（會議後修正稿標題為：中國現代平等觀念形成之數位研究：兼對三階段說的檢驗），2012數位典藏與數位人文國際研討會/台灣大學數位典藏 研究發展中心、台灣大學圖書館主辦，2012年11月29-30日。
金觀濤、邱偉雲、劉昭麟：〈「共現」詞頻分析及其運用─以「華人」觀念起源為例〉，2011數位典藏與數位人文國際研討會，台灣大學數位典藏研究發展中心、台灣大學圖書館主辦，2011年12月1-2日。
邱偉雲：〈文化他者、宗教他者與庶民他者─論晚清《點石齋畫報》(1884-1898年)中佛教形像的三重建構〉，鶴山21世紀國際論壇．宗教論壇，鶴山21世紀國際論壇、國家圖書館、高雄師範大學國文系、財團法人造福觀音文教基金會 ，2011年5月。
邱偉雲：〈關鍵詞叢與文本意義挖掘的嚐試：以《清季外交史料》為例〉，2010數位典藏與數位人文國際研討會，台灣大學數位典藏研究發展中心、台灣大學圖書館主辦，2010年11月29-30日。
邱偉雲、金觀濤、劉青峰：〈中國主權觀念的形成：從「前概念」到「概念」〉，近代東亞的觀念變遷與認同形塑國際學術研討會，政治大學社資中心 「中國近現代思想及文學史專業數據庫（1830-1930）」計畫辦公室主辦，2010年11月18-20日。
邱偉雲：〈除尸﹑避穀﹑守庚申 ——以「除三尸」為開展論道教中之體內環保思想〉， 第九屆『宗教與心靈改革研討會』，如實佛學研究室，2006年11月25-26日。
邱偉雲：〈「芟夷譎詭，採其雕蔚」--建構韓愈讖緯思想與古文創作之會合路徑〉，臺灣師範大學國文學系第十二屆研究生學術論文研討會，臺灣師範大學國文學系， 2006年4月22日。
邱偉雲：〈道是無情卻有情—何晏「聖人無情說」與王弼「聖人有情說」歧異試詮〉，第十四屆南部地區中文所研究生論文發表會，中正大學中國文學研究所，2005年11月26日。
邱偉雲：〈蔣冕《瓊台詩話》析論──兼論「師門詩話」模式〉，清華大學中文系2005年全國研究生論文發表會，清華大學中國文學系，2005年11月5日。
邱偉雲：〈論王陽明龍場悟道之機〉，第十三屆南區六校中文所研究生論文發表會議，嘉義大學中文系， 2005年5月7日。
五、其他（網路資料、報刊、雜文...）
邱偉雲、嚴程：〈數字方法與傳統人文更需邁向多元共生關係〉，《社會科學報》2021年2月4日，1742期，第5版。
邱偉雲：〈推進國學研究的數字轉向〉，《中國社會科學報》，2020年8月28日，第6版。
邱偉雲：〈精讀視野與鳥瞰視野的詮釋循環：文史學界的數位人文探索〉，數位人文在政大協作平台，2015年1月30日。
邱偉雲：〈當網絡計算成為人類網羅：從AlphaGo的勝利談人機之辨與人類價值〉，創業小站微信公眾號，2017年5月29日。
邱偉雲：〈思想史/概念史研究法的數位轉向（Digital Turn）〉，零壹Lab微信公眾號，2017年6月1日。
邱偉雲：〈地圖、登涉、桃花源──赴陸任教心得分享〉，《國文天地》第388期（2017年09月）。