日治時期
本校創建於民國6年4月1日,當時名為大目降公學校新市分校,先後經歷四位日籍校長,民國 9 年 4 月1 日獨立為新市公學校,歷任 8 位校長,至民國 35 年 1 月李瑞琳先生代理本校校長,4 月洪順聯先生接任本校校長。
光復時期
民國 36 年光復初年 2 月校名改稱為 「臺南縣新市鄉新市國民學校 」 ,民國 38 年 8 月設置大社分校 (41 年 8 月獨立為大社國民學校)。
民國45年12月附設「新市國民學校幼稚班(四班)」
九年國民義務教育時期
民國 57 年 7 月改制為「臺縣新市鄉新市國民小學 」,8月吳敬先生接任本校校長、民國 64年 9月孫日重先生接任本校校長, 加強五育基礎教育,尤其完成教學環境基礎建設,新建教學大樓、 活動中心、午餐廚房、幼稚班新建教室、游詠池、操場與綜合球場、 新建校門、隔音牆噪音防治工程等,辦理營養午餐。民國 67 年成立校友獎學基金會,民國 74 年創辦「新市兒童 」 校刊,推動自然 科學教育,自然科學展覽全國第二名,強化訓輔工作,實施學生榮譽制度,成立特教組,獲教育部輔導業務訪視特優。
九年一貫時期
民國 91 年 9 月九年一實課程正式實施,學校創新教育經營, 推動各項教育專案計畫,獲選教育部初級資訊種子學校,全國口腔保健比賽第一名,辦理臺南市美術資優教育方案,成立臺南縣第一所教師專業發展評鑑試辦學校,設置臺南縣創造力教育中心,成立 扯鈴隊、創鼓隊、弦樂園。擴充教學設備,學生美術館落成,啟用表演臺,充實圖書館整修,建置未來閱讀廣場,設置綜合球場以及 PP 跑道新建工程,教師獲頒全國創意教學獎優等,榮獲教育部師鐸獎、閱讀推手獎及教育部優良特殊教育人員。
民國 100 年8月改制為「臺南市新市區新市國民小學」,全校校舍重新規劃設計,校舍耐震補強,拆除老舊校舍重建新教室大樓,完成西棟教室及中東棟教室補強工程,新建東薈樓暨校史室,建立符合綠建築之亮麗新校園。
十二年國民基本教育時期
全面經營優質化教育,建立在地品牌,創造學校十大績優特色:
1.教育部未來想像與創意人才培育計畫學校
2. 教育部學校本位國際教育計畫學校
3. 教育部品德教育特色學校
4. 教育部閱讀磐石學校
5. 教育部營造空間美學與發展特色學校
6. 臺南市創造力資優教育方案學校
7. 臺南市校長及教師專業發展中心
8. 臺南市教育 111 特色學校
9. FabLab-NKNU臺南市自造教育中心
10. 全國推動客語績優學校