แนวทางการจัดการเรียนการสอนตาม พ.ร.บ. การศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. ๒๕๔๒ ได้กำหนดแนวทางไว้ตามมาตรา ๒๒ การจัดการศึกษาต้องยึดหลักว่าผู้เรียนทุกคนมีความสามารถเรียนรู้และพัฒนาตนเองได้ และถือว่าผู้เรียนมีความสำคัญที่สุด กระบวนการจัดการศึกษาต้องส่งเสริมให้ผู้เรียนสามารถพัฒนาตามธรรมชาติและเต็มตามศักยภาพและในมาตรา ๒๓ การจัดการศึกษา ทั้งการศึกษาในระบบ การศึกษานอกระบบ และการศึกษาตามอัธยาศัย ต้องเน้นความสำคัญทั้งความรู้ คุณธรรม กระบวนการเรียนรู้และบูรณาการตามความเหมาะสมของแต่ละระดับการศึกษาในเรื่องความรู้และทักษะด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี รวมทั้งความรู้ความเข้าใจและประสบการณ์เรื่องการจัดการ การบำรุงรักษาและการใช้ประโยชน์จากทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม อย่างสมดุลยั่งยืน ตามหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน พ.ศ. ๒๕๕๑ การนำงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนเป็นส่วนหนึ่งมาบูรณาการในการจัดการเรียนการสอนโดยอาศัยสื่อการเรียนรู้ที่เป็นธรรมชาติทั้งทางด้านกายภาพ และชีวภาพที่อยู่ใกล้ตัว นำมาออกแบบในการจัดการเรียนการสอนตามศตวรรษที่ ๒๑ ที่เน้นให้นักเรียนเกิดกระบวนการเรียนรู้เป็นระบบ โดยใช้ทักษะของการเรียนรู้ (Learning Skills) และที่สำคัญที่สุด คือทักษะใน การคิดสร้างสรรค์ ปลูกฝังความเป็นนักคิด ได้อย่างมีประสิทธิภาพเป็นการเรียนรู้ที่ให้อิสระผู้เรียนส่งเสริมความคิดสร้างสรรค์ในหลากหลายมิติ

โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี โรงเรียนรัตนบุรีได้ดำเนินงานสนองพระราชดำริโดยการจัดการเรียนรู้บูรณาการ งานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนในทุกกลุ่มสาระการเรียนรู้และทุกระดับชั้น ซึ่งเป็นการเพิ่มความสามารถให้กับผู้เรียนได้เรียนรู้อย่างเต็มศักยภาพ ตามมาตรา ๒๒ และมาตรา ๒๔ แห่งพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติและมาตรฐานการศึกษา ในส่วนมาตรฐานด้านผู้เรียน (มาตรฐานที่ ๔) ผู้เรียนมีความสามารถในการคิดวิเคราะห์ คิดสังเคราะห์ มีวิจารณญาณ มีความคิดสร้างสรรค์ คิดไตร่ตรองและมีวิสัยทัศน์ โดยสอดคล้องตามสภาพแวดล้อมของสังคมในปัจจุบันทำให้ผู้เรียนสามารถดำเนินชีวิตได้อย่างมีความสุขทั้งยังเป็นการสร้างจิตสำนึกในการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชในโรงเรียนและในชุมชนเพื่อให้เกิดความยั่งยืนตลอดไป

การจัดการเรียนรู้บูรณาการงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน โรงเรียนรัตนบุรี ได้นำกระบวนการจัดการเรียนการสอนแบบบูรณาการงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน โดยเป็นกระบวนการสอนที่เน้นนักเรียนเป็นศูนย์กลางและใช้ทักษะตามศตวรรษที่ ๒๑ เพื่อให้เป็นผู้เรียนที่สามารถสร้างองค์ความรู้ด้วยตนเอง โดยมีกระบวนการ ๕ ขั้นตอนดังนี้

ขั้นตอนที่ ๑ กระตุ้นความสนใจโดยครูผู้สอนพานักเรียนลงไปสำรวจพรรณไม้ในบริเวณโรงเรียนเป็นการเรียนรู้จากของจริง

ขั้นตอนที่ ๒ แบ่งกลุ่มตามความสนใจ เมื่อนักเรียนสำรวจพรรณไม้แล้วนักเรียนจะศึกษาทุกส่วนของพรรณไม้ที่นักเรียนเลือกแล้วบูรณาการความรู้เข้ากับทุกกลุ่มสาระการเรียนรู้ทุกรายวิชา โดยมีครูเป็นผู้ดูแล

ขั้นตอนที่ ๓ ค้นคว้าและคิด ครูผู้สอนเป็นผู้ให้คำปรึกษา ชี้แนะ และตอบคำถามที่นักเรียนสงสัยด้วยการตั้งคำถาม เพื่อเปิดโอกาสให้ผู้เรียนได้คิด ในการทำการสำรวจให้นักเรียนเป็นผู้ออกแบบการสำรวจ มีครูเป็นผู้เติมเต็มโดยการตั้งคำถาม หลังจากการการสำรวจจะเป็นการอภิปรายผลที่นักเรียนทำการสรุปผลการสำรวจโดยอ้างอิงความถูกต้องทางวิชาการ จากแหล่งอ้างอิงต่างๆเช่น หนังสือ และอินเตอร์เน็ต ที่ครูอนุญาตให้นักเรียนใช้สืบค้นหาข้อมูลได้ขณะจัดการเรียนการสอน

ขั้นตอนที่ ๔ นำเสนอ นักเรียนนำเสนอผลงานตนเองที่ได้ไปค้นคว้าและคิดออกมา หน้าชั้นเรียน โดยสามารถนาเสนอได้ทุกรูปแบบตามความสนใจของแต่ละกลุ่ม อาจจะเป็น mind mapping , รายงาน สมุดเล่มเล็ก ฯลฯ เมื่อจบการนาเสนอผู้สอนจะเป็นผู้เปิดประเด็นให้มีการซักถามในชั้นเรียน เพื่อให้นักเรียนนั้นตรวจสอบความถูกต้องของข้อมูลที่ตนเองได้ค้นหามา ซึ่งขั้นตอนนี้ทำให้เกิดความรู้ใหม่ๆและทำให้ผู้เรียนเต็มใจที่จะค้นหาความรู้ด้วยตนเอง

ขั้นตอนที่ ๕ ประเมินผล ครูผู้สอนทำการประเมินผลโดยครอบคลุมการพัฒนาของนักเรียนทั้ง 3 ด้าน คือ
๑. ความรู้ (Knowledge) ใช้ข้อสอบแบบอัตนัยเพื่อให้การตอบมีความหลากหลายทางความคิดแต่มีความถูกต้องไปในทิศทางเดียวกัน
๒. ทักษะ (Skill) ใช้แบบประเมินแบบ Rubic Score ด้านทักษะการสื่อสารเมื่อออกมานำเสนอหน้าชั้นเรียน, ทักษะด้านการทำงาน
๓. คุณลักษณะอันพึงประสงค์ (Attitude) ใช้แบบประเมินแบบ Rubic Score สังเกตพฤติกรรมของนักเรียนในระหว่างเรียนและนอกเวลาเรียน
จากผลการสอนคิดวิเคราะห์ด้วยกระบวนการเรียนรู้แบบบูรณาการงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนส่งผลดีต่อผู้ที่เกี่ยวข้องในส่วนต่างๆดังนี้

ผู้บริหารสถานศึกษา เป็นผู้ปฏิบัติตน วางมาตรการ นโยบาย ส่งเสริมครูให้สนองงานพระราชดำริ พัฒนาแหล่งเรียนรู้ พัฒนานักเรียน โดยให้การสนับสนุนในทุกด้าน อาทิ ด้านงบประมาณ บุคลากร ฯ
นักเรียนรู้และเข้าใจความสำคัญของทรัพยากรธรรมชาติให้ความร่วมมือ มีความตระหนักรู้คุณค่าของทรัพยากรในท้องถิ่นและสถานศึกษาของตน
ชุมชนให้ความร่วมมือที่จะให้ข้อมูล ภูมิปัญญาพื้นบ้าน ถ่ายทอดประสบการณ์ ส่งต่อให้นักเรียนสามารถนำความรู้มาใช้ให้เกิดประโยชน์

การจัดการเรียนการสอนบูรณาการงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน ตามทักษะในศตวรรษที่ ๒๑โดยเน้นทักษะการคิดแบบสร้างสรรค์ สนองพระราชดาริ บรรลุตามตัวชี้วัดสาระการเรียนรู้แกนกลางกลุ่มสาระการเรียนรู้ตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช ๒๕๕๑ นักเรียน มีผลสัมฤทธิ์ทางการเรียนเพิ่มขึ้น

นักเรียนมีความตระหนักเห็นคุณค่าของทรัพยากรทางธรณี มีจิตสานึกในการอนุรักษ์ และสามารถนำความรู้ที่ได้มาประยุกต์ใช้ให้เกิดประโยชน์ได้อย่างถูกต้อง

การจัดการเรียนการสอนบูรณาการงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน โดยใช้หลักการสอนตามศตวรรษที่ ๒๑ ควรมีการจัดการเรียนการสอนตามบริบทของแต่ละโรงเรียน คำนึงถึงสภาพแวดล้อมที่เหมาะสมต่อการเรียนเพื่อให้เกิดความสอดคล้องตามสภาพจริง

โรงเรียนรัตนบุรีพร้อมจะเป็นตัวอย่างและถ่ายทอดวิธีการดำเนินงานให้กับโรงเรียนที่สนใจ และร่วมมือท้องถิ่นในการจัดทำฐานข้อมูลทรัพยากรท้องถิ่นต่อไป