โรงเรียนบ้านกูบู สังกัดส านักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานราธิวาส เขต 2 สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ ตั้งอยู่หมู่ที่ 6 ตำบลไพรวัน อ าเภอตากใบ จังหวัดนราธิวาส ห่างจากถนนสายนราธิวาส – ตากใบ 500 เมตร ห่างจากส านักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานราธิวาส เขต 2 ประมาณ 42 กิโลเมตร เริ่มก่อสร้างเมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม พ.ศ. 2497 โดยได้รับความร่วมมือ จาก นายนิเล๊าะ โว๊ะนิเน็ง ได้เปิดท าการสอนครั้งแรกเป็นโรงเรียนสาขาของโรงเรียนบ้านคลองตัน
เมื่อวันที่ 16 มีนาคม พ.ศ. 2498 ได้แยกจากการเป็นโรงเรียนสาขาของโรงเรียนบ้านคลองตันเป็นเอกเทศ เปิดทำการสอนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 มีนักเรียนจ านวน 78 คน ครูจ านวน 2 คน นายกลม ชอบเอียดเป็นครูใหญ่
ปี พ.ศ. 2506 โรงเรียนได้ร่วมกับราษฎรบ้านกูบู ได้จัดกิจกรรมเพื่อหาเงินซื้อที่ดิน จ านวน 1 แปลง มีเนื้อที่ 2 ไร่ 2 งาน 70 2/10 ตารางวา เป็นเงิน 20,000บาท ใช้เป็นที่ก่อสร้าง อาคารเรียน อาคารประกอบ และสิ่งก่อสร้าง