โรงเรียนบ้านชะเมาสามต้น ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๓ มิถุนายน ๒๕๐๕
โดยมีนายกุศล ณ สงขลา ศึกษาธิการอำเภอสายบุรีในขณะนั้นเป็น
ผู้เปิดและได้แต่งตั้งให้นายจรัล อุ่นเรือน เป็นผู้รักษาการในตำแหน่ง
ครูใหญ่ โดยได้อาศัยใต้ถุนบ้านของนายวาเตะ มะแซ ราษฎรหมู่ที่ ๕
ตำบลเตราะบอน เป็นสถานที่เรียนชั่วคราว และได้ตั้งชื่อโรงเรียนว่า
“โรงเรียนบ้านโคกหม้อ”

ต่อมาทางโรงเรียนได้รับงบประมาณจัดสรร จึงได้สร้างอาคารเรียน
แบบ ป ๑ก. (แบบ น.ปานชู) ขนาด ๔ ห้องเรียน ได้ใช้อาคารเรียน
เมื่อวันที่ ๙ กันยายน ๒๕๑๑ และได้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนให้เหมาะสม
เป็น “โรงเรียนบ้านชะเมาสามต้น” จนถึงปัจจุบัน

วันที่ ๑ กุมภาพันธ์ พ.ศ.๒๕๖๔ นางไซนับ สามะเด็ง ผู้อำนวยการ
โรงเรียนบ้านชะเมาสามต้นและคณะครู ได้ร่วมกันระดมทุนซื้อที่ดิน
เพิ่มเติม ซึ่งอยู่ติดกับโรงเรียนเป็นพื้นที่ว่างเปล่า ขนาด ๑ ไร่ ๑ งาน
ในราคา ๔๐๐,๐๐๐ บาท (สี่แสนบาทถ้วน) โดยได้ทำการจ่ายที่ดิน
งวดที่ ๑ เป็นจำนวนเงิน ๒๖๐,๐๐๐ บาท (สองแสนหกหมื่นบาทถ้วน)

วันที่ ๑๘ กรกฎาคม พ.ศ.๒๕๖๕ ทางโรงเรียนบ้านชะเมาสามต้น
โดยนางไซนับ สามะเด็ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านชะเมาสามต้น
ในนามผู้ซื้อ ได้ทำการจ่ายค่าที่ดิน งวดที่ ๒ เป็นจำนวนเงิน
๑๔๐,๐๐๐ บาท (หนึ่งแสนสี่หมื่นบาทถ้วน) แก่นางสาวนูรียะห์ รีกาซอ
เป็นที่เรียบร้อยครบตามสัญญา

ปัจจุบันโรงเรียนบ้านชะเมาสามต้นเปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาล ๑
ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖ มีบุคลากร ๑๕ คน
และมีจำนวนนักเรียนรวมทั้งสิ้น 90 คน