La Comarca Emberá-Wounaan fue creada en 1983 (Ley Nº 22) y está conformada por dos áreas distantes entre sí: el distrito comarcal Cémaco, con una superficie de 2.800 km2, que comprende 28 comunidades y el distrito comarcal Sambú, con una superficie de 1.300 km2, que comprende 12 comunidades.
Los Emberás viven en las orillas del Río Chucunaque, Tuira, Tupiza y Río Chico en la provincia de Darién.
En la provincia de Panamá viven a las orillas del río Chagres, Mocambo Abajo, San Antonio, Gamboa y Emberá Gatún y Majé.
Fuera del territorio comarcal, también existen otras comunidades Emberá y Wounaan, en áreas denominadas “Tierras Colectivas” que aún demandan y esperan la titulación de sus tierras.