โรงเรียนมัธยมวัดนายโรงได้จัดทำ “คู่มือหรือมาตรฐานการปฏิบัติงาน” สำหรับครูและบุคลากรทางการศึกษา ครอบคลุมกลุ่มบริหารต่าง ๆ เช่น กลุ่มบริหารวิชาการ กลุ่มบริหารบุคคล กลุ่มกิจการนักเรียน และภาคีเครือข่าย โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อให้การปฏิบัติงานเป็นระบบ สอดคล้องกับภารกิจ และสามารถตรวจสอบได้