โครงงานคอมพิวเตอร์เป็นกิจกรรมที่ต้องทำอย่างต่อเนื่องหลายขั้นตอน และแต่ละขั้นตอนจะมีความสำคัญต่อโครงงานนั้นๆ การแบ่งขั้นตอนของการทำโครงงานอาจแตกต่างกัน ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับลักษณะของโครงงานและการวางแผนการทำโครงงาน ในที่นี้จะแบ่งการทำโครงงานออกเป็น 6 ขั้นตอน
1. การคัดเลือกหัวข้อโครงงานที่สนใจจะทำ
    โดยทั่วไปเรื่องที่จะนำมาพัฒนาเป็นโครงงานคอมพิวเตอร์ มักจะได้มาจากปัญหา คำถาม หรือความสนใจในเรื่องต่างๆ จากการสังเกตสิ่งต่างๆ ที่เกี่ยวเนื่องกับระบบคอมพิวเตอร์
หรือสิ่งต่างๆ รอบตัว ผู้เรียนสามารถจะศึกษาการได้มา ของเรื่องที่จะทำโครงงานจากตัวอย่างต่อไปนี้

  สุดา ช่วยงานคุณพ่อซึ่งเป็นคุณหมอที่คลีนิครักษาโรคทั่วไป สังเกตเห็นว่าเมื่อคนไข้เก่ามาจะต้องมีการค้นหาประวัติคนไข้ ซึ่งเก็บไว้ในตู้เอกสารซึ่งมีปริมาณมาก ทำให้เสียเวลาค่อนข้างมาก กว่าจะหาพบ และตู้เอกสารยังใช้เนื้อที่ในร้านค่อนข้างมาก อีกด้วย ดังนั้นสุดาจึงเสนอทำโครงงาน "ระบบจัดการข้อมูลของคลีนิครักษาโรคทั่วไป" เพื่อพัฒนาระบบคอมพิวเตอร์ ในการจัดเก็บข้อมูลคนไข้ทั้งหมดไว้ในเครื่องคอมพิวเตอร์ เพื่อเป็นการประหยัดเนื้อที่ที่ใช้ในการจัดเก็บข้อมูล และประหยัดเวลาในการค้นหาข้อมูลคนไข้
  สมานเป็นผู้เรียนที่ชอบวิชาฟิสิกส์เป็นอย่างมาก มักจะได้รับการขอร้องจากเพื่อนๆ ให้ทบทวนเนื้อหาต่างๆ ให้เพื่อนๆ ฟังอยู่เสมอ ซึ่งเมื่อสมานได้เรียนวิชาการเขียนโปรแกรมแล้ว เกิดความคิดขึ้นว่าถ้าเขาสร้างโปรแกรม ช่วยสอนสำหรับวิชาฟิสิกส์ขึ้นมา ให้เพื่อนๆ ได้ใช้ คงจะเป็นเครื่องมือเป็นอย่างดีในการทำให้เพื่อนๆ เข้าใจเนื้อหาได้ชัดเจนขึ้น ดังนั้นสมานจึงเสนอโครงงานเรื่อง "โปรแกรมช่วยสอนเรื่องการเคลื่อนที่แบบโปรเจ็กไตล์"
  จิราภรณ์, ทิพนาฎและธิติกร ได้ทำโครงงานเรื่อง “โปรแกรมสร้างแบบทดสอบการเรียนการสอนบนอินเทอร์เน็ต” เกิดจากการที่ปัจจุบันอินเทอร์เน็ตได้เข้ามามีบทบาทในวงการศึกษามากขึ้น ทำให้เกิดการเรียนรู้อันหลากหลาย ซึ่งไม่ได้จำกัดอยู่เพียงห้องเรียน ไม่จำกัดผู้เรียน กระบวนการเรียนรู้ในบางเนื้อหาวิชามีความจำเป็นที่จะต้องมีการทดสอบ กระบวนการวิเคราะห์ผลจึงควรจะต้องมี จึงได้คิดวิชาความรู้บนเครือข่ายอินเทอร์เน็ตขึ้น

สังเกตได้ว่าเรื่องหรือปัญหาที่จะนำมาพัฒนาโครงงานคอมพิวเตอร์ได้จากแหล่งต่างๆ กันดังนี้
    1. การอ่านค้นคว้าจากหนังสือ เอกสาร หนังสือพิมพ์ หรือวารสารต่างๆ
    2. การไปเยี่ยมชมสถานที่ต่างๆ
    3. การฟังบรรยายทางวิชาการ รายการวิทยุและโทรทัศน์ รวมทั้งการสนทนาอภิปรายแลกเปลี่ยนความคิดเห็น ระหว่างเพื่อนผู้เรียนหรือกับบุคคลอื่นๆ
    4. กิจกรรมการเรียนการสอนในโรงเรียน
    5. งานอดิเรกของผู้เรียน
    6. การเข้าชมงานนิทรรศการหรืองานประกวดโครงงานคอมพิวเตอร์
อย่างไรก็ตาม ในการตัดสินใจเลือกหัวข้อที่จะนำมาพัฒนาโครงงานคอมพิวเตอร์ ควรพิจารณาองค์ประกอบสำคัญๆ ดังนี้
    1. ต้องมีความรู้และทักษะพื้นฐานอย่างเพียงพอในหัวข้อเรื่องที่จะศึกษา
    2. สามารถจัดหาเครื่องคอมพิวเตอร์และซอฟต์แวร์ที่เกี่ยวข้องได้
    3. มีแหล่งความรู้เพียงพอที่จะค้นคว้าหรือขอคำปรึกษา
    4. มีเวลาเพียงพอ
    5. มีงบประมาณเพียงพอ
    6. มีความปลอดภัย

2. การศึกษาค้นคว้าจากเอกสารและแหล่งข้อมูล
    ซึ่งรวมถึงการขอคำปรึกษาจากผู้ทรงคุณวุฒิจะช่วยให้ผู้เรียนได้แนวคิดที่ใช้ในการกำหนดขอบเขตของเรื่องที่จะศึกษาได้เฉพาะเจาะจงมากยิ่งขึ้น รวมทั้งได้ความรู้เพิ่มเติมในเรื่องที่จะศึกษาจนสามารถใช้ออกแบบและวางแผนดำเนินการทำโครงงานนั้นได้อย่างเหมาะสม ในการศึกษาค้นคว้าดังกล่าว ผู้เรียนจะต้องบันทึกสรุปสาระสำคัญไว้ด้วย
    แหล่งข้อมูลที่สำคัญอีกแหล่งหนึ่งคือ การศึกษาผลงานของโครงงานคอมพิวเตอร์จากงานแสดงนิทรรศการ หรือจากเอกสารรายงานโครงงานคอมพิวเตอร์ ซึ่งอาจค้นหาได้จากเว็บไซต์ต่างๆ ทั่วโลก จะช่วยเพิ่มพูนประสบการณ์ให้กับผู้เรียนในด้านความรู้ เทคนิคและวิธีการพัฒนา นอกจากนี้ยังทำให้เกิดแนวคิดที่จะดัดแปลงผลงานดังกล่าว มาจัดทำโครงงานคอมพิวเตอร์ในหัวข้อที่ตนสนใจด้วย ในการศึกษาและวิเคราะห์โครงงานคอมพิวเตอร์หรือปัญหาพิเศษต่างๆ มีประเด็นที่ต้องพิจารณา ดังนี้
ก. มูลเหตุจูงใจ และเป้าหมายในการทำโครงงาน
ข. การดำเนินการพัฒนา
    1.  วัสดุอุปกรณ์ต่างๆ ซึ่งรวมถึง เครื่องคอมพิวเตอร์ ซอฟต์แวร์ที่ต้องใช้ในการดำเนินการ และ ตัวแปลภาษาโปรแกรมที่ต้องใช้
    2. ความต้องการของผู้ใช้และคุณลักษณะของผลงาน (Requirement and Specification)
    3. กลุ่มผู้ทดลองใช้โครงงานและวิธีการประเมินผล
    4. วิธีการพัฒนา
    5. ข้อสรุปของโครงงาน
    6. ความแปลกใหม่ ความคิดสร้างสรรค์ของผู้ทำโครงงาน
    7. แนวทางในการปรับปรุงหรือขยายการทดลองจากงานเดิม
ผลที่ได้จากการดำเนินงานขั้นตอนนี้ จะช่วยให้ได้แนวคิดในการกำหนดขอบข่ายหรือเค้าโครงของเรื่องที่จะศึกษาชัดเจนว่า 

• จะทำอะไร

• ทำไมต้องทำ

• ต้องการให้เกิดอะไร

• ทำอย่างไร

• ใช้ทรัพยากรอะไร

• ทำกับใคร

• เสนอผลอย่างไร

3. การจัดทำเค้าโครงของโครงงานที่จะทำ
    ในการทำโครงงานคอมพิวเตอร์ ผู้เรียนจำเป็นต้องกำหนดกรอบแนวคิดและวงแผนการพัฒนาล่วงหน้าเพื่อคาดการณ์ความเป็นไปได้ของโครงงาน ขั้นตอนที่สำคัญคือ ศึกษาค้นคว้าเอกสาร วิเคราะห์ข้อมูล ออกแบบการพัฒนา เสนอเค้าโครงของโครงงานต่ออาจารย์ที่ปรึกษา หรือผู้ทรงคุณวุฒิที่เกี่ยวข้อง เพื่อขอคำแนะนำและปรับปรุงแก้ไข โดยทั่วไป การทำข้อเสนอโครงงานคอมพิวเตอร์มีขั้นตอนที่สำคัญดังนี้
3.1   ศึกษาค้นคว้าเอกสารอ้างอิง และรวบรวมข้อมูลที่ได้จากผู้ทรงคุณวุฒิ
3.2   วิเคราะห์ข้อมูล เพื่อกำหนดขอบเขตและลักษณะของโครงงานที่จะพัฒนา
3.3   ออกแบบการพัฒนา มีการกำหนดลักษณะของเครื่องคอมพิวเตอร์ ซอฟต์แวร์และตัวแปลภาษาโปรแกรม และวัสดุต่างๆ ที่ต้องใช้ กำหนดคุณลักษณะของผลงาน ระบุเทคนิคที่ใช้ในการพัฒนา  พร้อมทั้งกำหนดตารางการปฏิบัติงาน
3.4  ทำการพัฒนาโครงงานขั้นต้น เพื่อศึกษาความเป็นไปได้เบื้องต้น โดยอาจจะทำการพัฒนาส่วนย่อยๆ บางส่วนตามที่ได้ออกแบบไว้แล้ว นำผลจากการศึกษาในช่วงนี้ไปปรับปรุงแผนการทดลองที่ออกแบบไว้ ในครั้งแรกให้เหมาะสมมากยิ่งขึ้น
3.5 จัดทำและเสนอข้อเสนอโครงงานคอมพิวเตอร์ต่ออาจารย์ที่ปรึกษา เพื่อขอคำแนะนำและปรับปรุงแก้ไข    ทั้งนี้เพราะในการวางแผนการศึกษาพัฒนา ผู้เรียนอาจจะคิดได้ไม่ครอบคลุมทุกด้าน เนื่องจากยังมีประสบการณ์น้อย ดังนั้นผู้เรียนจึงควรถ่ายทอดความคิดของตนเองที่ได้ ศึกษาและบันทึกไว้ ให้อาจารย์ที่ปรึกษาทราบ เพื่ออาจารย์จะได้ แนะนำในส่วนที่ยังบกพร่องอยู่ ทั้งนี้เพื่อให้ การวางแผนและดำเนินการทำโครงงาน เป็นไปอย่างเหมาะสมเป็นขั้นตอนตั้งแต่ เริ่มต้นจนโครงงานสำเร็จ

4. การลงมือทำโครงงาน
    เมื่อข้อเสนอโครงงานได้รับความเห็นชอบจากอาจารย์ที่ปรึกษาแล้ว ก็เสมือนว่าการจัดทำโครงงานได้ผ่านพ้นไปแล้วมากกว่า 50% ขั้นต่อไปจะเป็นการลงมือพัฒนาตามขั้นตอนที่วางแผนไว้ ดังนี้
4.1 การเตรียมการ ต้องเตรียมเครื่องคอมพิวเตอร์ ซอฟต์แวร์ และวัสดุอื่นๆ ที่จะใช้ในการทดลอง พร้อมทั้งจัดเตรียมสถานที่สำหรับใช้ในการพัฒนาให้พร้อมด้วย และควรเตรียมสมุดบันทึกหรือบันทึกเป็นแฟ้มข้อความไว้ในระบบคอมพิวเตอร์ สำหรับบันทึกการทำกิจกรรมต่างๆ ระหว่างทำโครงงาน ได้แก่ ได้ปฏิบัติอย่างไร ได้ผลอย่างไร มีปัญหาและแก้ไขได้หรือไม่ อย่างไร รวมทั้งข้อสังเกตต่างๆ ที่พบ
4.2 การลงมือพัฒนา

• • ปฏิบัติตามแผนงานที่วางไว้ในเค้าโครง แต่อาจเปลี่ยนแปลงหรือเพิ่มเติมได้ถ้าพบว่าจะช่วยทำให้ผลงานดีขึ้น

  • จัดระบบการทำงานโดยทำส่วนที่เป็นหลักสำคัญๆ ให้แล้วเสร็จก่อน 

  • จึงค่อยทำส่วนที่เป็นส่วนประกอบหรือส่วนเสริมเพื่อให้โครงงานมีความสมบูรณ์มากขึ้น และถ้ามีการแบ่งงานกันทำ ให้ทำความตกลงในการต่อเชื่อมชิ้นงานที่ชัดเจนด้วย 

  • พัฒนาระบบงานด้วยความละเอียดรอบคอบ และบันทึกข้อมูลไว้อย่างเป็นระบบและครบถ้วน 

  • คำนึงถึงความประหยัด ความปลอดภัย และระยะเวลาในการทำงาน

4.3 การตรวจสอบผลงานและแก้ไข การตรวจสอบความถูกต้องของผลงานเป็นความจำเป็นเพื่อให้แน่ใจว่าผลงานที่พัฒนาขึ้นทำงานได้ถูกต้องตรงกับความต้องการที่ระบุไว้ในเป้าหมาย และทำด้วยประสิทธิภาพสูงด้วย
4.4 การอภิปรายผลและข้อเสนอแนะ เมื่อพัฒนาผลงานเรียบร้อยแล้ว ให้จัดทำสรุปด้วยข้อความที่สั้นกะทัดรัดอย่างครอบคลุมเพื่อช่วยให้ผู้อ่านได้เข้าใจถึงสิ่งที่ค้นพบจากการทำโครงงาน และทำการอภิปรายผลด้วย  เพื่อพิจารณาข้อมูลและผลที่ได้ พร้อมกับนำไปหาความสัมพันธ์กับหลักการ ทฤษฎี หรือผลงานที่ผู้อื่นได้ศึกษาไว้แล้ว ทั้งนี้ยังรวมถึงการนำหลักการ ทฤษฎี หรือผลงานของผู้อื่นมาใช้ประกอบการอภิปรายผลที่ได้ด้วย
4.5 แนวทางการพัฒนาโครงงานในอนาคตและข้อเสนอแนะ เมื่อทำโครงงานเสร็จสิ้นลงแล้ว ผู้เรียนอาจพบข้อสังเกต ประเด็นที่สำคัญหรือปัญหา ซึ่งสามารถเขียนเป็นข้อเสนอแนะ
และสิ่งที่ควรจะศึกษาและ/หรือใช้ประโยชน์ต่อไปได้

5. การเขียนรายงาน 
    เมื่อทำโครงงานจนได้ข้อมูลอย่างเพียงพอและทำการวิเคราะห์ผล และสรุปผลแล้ว ขั้นตอนต่อไปที่ต้องทำคือการจัดทำรายงาน ซึ่งจะรวมถึงรายละเอียดต่างๆ ในการพัฒนา และคู่มือการใช้งาน รายงานโครงงานคอมพิวเตอร์เป็นวิธีสื่อความหมายที่มีประสิทธิภาพ เพื่อให้ผู้อื่นได้เข้าใจแนวคิด วิธีดำเนินการศึกษาค้นคว้า ข้อมูลที่ได้ ตลอดจนข้อสรุปและข้อเสนอแนะต่างๆ เกี่ยวกับโครงงาน ในการเขียนรายงานนั้น ผู้เรียนควรใช้ภาษาที่อ่านและเข้าใจได้ง่าย ชัดเจน กระชับ และตรงไปตรงมา ให้ครอบคลุมหัวข้อต่างๆให้ครบถ้วนตามรูปแบบที่กำหนด

6. การนำเสนอและการแสดงผลงานของโครงงาน
    การนำเสนอและการแสดงผลงานเป็นขั้นตอนที่สำคัญอีกขั้นตอนหนึ่งของการทำโครงงาน เพื่อแสดงออกถึงผลิตผลของความคิด ความพยายามในการทำงานที่ผู้ทำโครงงานได้ทุ่มเท และเป็นวิธีที่ทำให้ผู้อื่นได้รับรู้และเข้าใจถึงผลงานนั้น การเสนอผลงานอาจทำได้ในหลายรูปแบบต่างๆ กัน เช่น การแสดงผลงานโดยไม่มีการอธิบายประกอบ การรายงานด้วยคำพูดในที่ประชุม การจัดนิทรรศการโดยโปสเตอร์และอธิบายด้วยคำพูด เป็นต้น