馬卡龍的身世不凡,但真實的起源眾說紛紜。源自於法國最早的說法,是修士裸著上半身專注而投入地揉麵團,最後累倒在麵團上,使得進烤箱前的麵糰上留有她的肚臍痕跡,所以此地所出的馬卡龍又稱為修士的肚臍。
另有一說法,和法式甜點劃上等號的馬卡龍,其實是從義大利引進的。義大利梅地奇家族的凱薩琳,梅地奇與法國奧爾良公爵亨利政治聯姻後,帶著好幾位師傅陪嫁,並且將甜點食譜也帶到法國。
最初的馬卡龍是單片餅乾,口感厚實且沒有餡料,較為單掉,並不像現在一樣口味豐富外殼酥薄,內餡香甜。但真正讓馬卡龍聲名大噪是巴黎的甜品屋拉杜麗。20世紀初,拉杜麗先生的孫子Pierre Desfontaines 嘗試在兩片杏仁小餅中加入巧克力味牛奶,並改良了配方,使之更加柔軟細滑,從此,馬卡龍開始風靡。