SMK St Thomas telah didirikan oleh Francis Thomas McDougall pada tahun 1848 bersama-sama para paderi Anglikan yang lain. Ketika zaman Perang Dunia Kedua (WWII), sekolah ini telah ditawan oleh Jepun sehingga 1945 dan dibuka semula sebagai sekolah mubaligh sehingga 1979, setelah bangunan utama hangus terbakar akibat terkena percikan mercun ketika meraikan sambutan Persidangan Raja-Raja. 

Pada 1982, St Thomas didaftarkan secara rasminya sebagai sebuah sekolah kerajaan dan Bahasa Melayu mula digunapakai sebagai bahasa pengantar.