Struktur pembelajaran di SM Sains Kuching memberi penekanan kepada mata pelajaran teras dan elektif, dengan fokus utama dalam bidang sains, teknologi, kejuruteraan dan matematik. Pendekatan pengajaran berorientasikan pembelajaran abad ke-21 (PAK-21) memastikan murid memperoleh pengetahuan, kemahiran dan nilai yang diperlukan untuk menghadapi cabaran masa hadapan.Â