Unit Pendidikan Khas SK Seksyen Enam bertanggungjawab merancang, menyelaras dan memantau pelaksanaan program pendidikan dan pengurusan murid berkeperluan pendidikan khas bagi memastikan perkembangan potensi, kemahiran, kemandirian dan kemenjadian murid secara menyeluruh selaras dengan dasar Kementerian Pendidikan Malaysia.
Melalui pengurusan yang tersusun dan kerjasama erat antara guru, ibu bapa serta komuniti, Unit Pendidikan Khas SK Seksyen Enam berusaha memastikan pelaksanaan program dan aktiviti Pendidikan Khas dijalankan secara terancang, berkesan dan berfokus kepada perkembangan potensi, kemahiran, kemandirian serta kemenjadian murid.