Program Pendidikan Khas di SMK Desa Petaling telah ditubuhkan pada tahun 2003 dengan permulaan enam kelas. Penolong Kanan pertama yang menerajui program ini ketika itu ialah Puan Wong Youk Kee.

Kini, Program Pendidikan Khas di SMK Desa Petaling telah berkembang maju dengan penambahan lapan kelas, dan diterajui oleh Penolong Kanan, Puan Rohana binti Md. Ghouse. Program ini turut disokong oleh 13 orang guru (tidak termasuk Penolong Kanan) dan 4 orang Pembantu Pengurusan Murid (PPM). Jumlah keseluruhan murid yang terlibat dalam Program Pendidikan Khas kini adalah seramai 75 orang, termasuk empat orang murid yang mengikuti program inklusif sepenuhnya.

Program yang ditawarkan di SMK Desa Petaling dibahagikan kepada dua tahap, iaitu untuk kefungsian sederhana dan kefungsian rendah. Bagi tahap kefungsian sederhana, dua kemahiran ditawarkan iaitu Asas Multimedia dan Asas Pastri. Sementara itu, bagi tahap kefungsian rendah, kemahiran yang disediakan termasuk Kraf Manik dan Asas Perkebunan.

Harapan utama Program Pendidikan Khas di SMK Desa Petaling adalah untuk melahirkan murid-murid yang berpotensi tinggi, berkemampuan untuk hidup berdikari dan bersosial dalam masyarakat. Melalui penguasaan kemahiran yang ditawarkan, diharapkan setiap murid dapat mencapai potensi terbaik mereka, seterusnya menyumbang kepada pembangunan diri dan komuniti yang lebih inklusif.