Livatino si occupò fin da subito di indagare su fatti di criminalità mafiosa, di tangenti e corruzione; ad esempio, nel 1982 aprì un'indagine sulle cooperative giovanili di Porto Empedocle, in particolare sui criteri con cui erano finanziate dalla Regione Siciliana e, nello stesso periodo, si occupò della prima grossa indagine sulla mafia agrigentina insieme ai sostituti procuratori Salvatore Cardinale e Roberto Saieva e il giudice istruttore Fabio Salamone, (questa indagine sarà famosa per essere poi sfociata nel maxi-processo contro i mafiosi di Agrigento, Canicattì, Campobello di Licata, Porto Empedocle, Siculiana e Ribera, presso l'aula bunker di Villaseta nel 1987); Livatino, in questo caso, dovette interrogare diversi politici dell'agrigentino, tra cui gli onorevoli Angelo Bonfiglio, Gaetano Di Leo e Calogero Mannino sui loro rapporti con esponenti mafiosi locali.

Per concludere, il giudice Livatino si occupò della "Tangentopoli siciliana" (della quale si hanno pochissime informazioni), utilizzando lo strumento della confisca dei beni ai mafiosi.