a) Representar y dirigir la institución;
b) Ejercer jurisdicción sobre todas la dependencias de la institución;
c) Nombrar y remover a los funcionarios y empleados de las distintas dependencias de la institución conforme a la Ley de Servicio Civil, así como realizar las rotaciones de personal que se consideren convenientes;
d) Conceder licencias al personal de la institución para ausentarse de sus labores con o sin goce de sueldo;
e) Imponer sanciones administrativas a los funcionarios y empleados de la institución, así como a las autoridades, a los funcionarios y empleados públicos en ejercicio de su función fiscalizadora, en los términos estipulados en el artículo 39 de su Ley Orgánica.
f) Aprobar el presupuesto anual de la institución, el cual trasladará al Organismo Ejecutivo y al Congreso de la República para su inclusión en el Presupuesto General de Ingresos y Egresos del Estado, dentro de los plazos establecidos;
g) Aprobar políticas, nomas y manuales de control gubernamental de observancia obligatoria para los organismos, entidades y personas a que se refiere el artículo 2 de la Ley Orgánica;
h) Dirigir, tramitar, resolver e inspeccionar todos los asuntos relacionados con la institución;
i) Desarrollar y poner en ejecución la estructura orgánica necesaria para el cumplimiento de los objetivos de la institución;
j) Aprobar los reglamentos administrativos internos de la Institución;
k) Oficializar los informes y dictámenes de auditoría que le presenten los auditores gubernamentales y los auditores independientes o firmas de auditoría privada contratados de acuerdo con la literal l) del artículo 4 de la Ley Orgánica, mediante el aval correspondiente cuando proceda;
l) Emitir los acuerdos internos necesarios;
m) Delegar atribuciones de las que le confiere la ley, cuando fuere necesario o conveniente, para hacer más dinámica y eficiente la función institucional;
n) Otorgar, en un plazo máximo de 120 días, los finiquitos que establezcan otras leyes, de conformidad con el reglamento de la Ley Orgánica; y,
o) Imponer las sanciones administrativas o pecuniarias que establecen las leyes dentro del área de su competencia, así como condonar o disminuir los montos que se hubieren impuesto, según la gravedad o no de las faltas en que se incurriere por parte de funcionarios y empleados públicos