Struktur organisasi Yayasan Fathul Huda Bandung dibangun berdasarkan prinsip pemisahan fungsi sesuai ketentuan hukum yayasan di Indonesia. Di puncak terdapat organ Pembina, yaitu pihak yang memiliki wewenang tertinggi dalam menetapkan kebijakan strategis: menentukan arah umum yayasan, menetapkan anggaran dasar, menyetujui program kerja dan anggaran tahunan, serta mengangkat atau memberhentikan anggota Pengurus dan Pengawas. Di samping itu, terdapat organ Pengawas, yang bertugas mengawasi pelaksanaan kepengurusan — memastikan manajemen yayasan dilakukan sesuai aturan, serta memberikan masukan dan pengawasan agar yayasan tetap berjalan dengan transparan dan akuntabel. Organ Pengurus kemudian menjalankan pengurusan operasional sehari-hari: mengelola administrasi, aset, keuangan, program pendidikan, serta mewakili yayasan dalam pelaksanaan kegiatan. Dari pengurus inilah koordinasi mengalir ke unit-unit pendidikan — seperti PG/Kober, RA, MI, dan MTs — yang masing-masing memiliki kepala unit, guru, staf kependidikan, wali kelas, dan unit penunjang lain. Dengan struktur ini, Yayasan Fathul Huda Bandung memastikan bahwa perumusan kebijakan, pelaksanaan operasional, dan mekanisme pengawasan dilakukan secara terpisah tetapi saling mendukung — sehingga manajemen yayasan dan unit pendidikan dapat berjalan sinergis, bertanggung jawab, dan sesuai tujuan mendidik serta membina karakter peserta didik secara profesional sesuai visi dan misi lembaga.