La sistematizzazione delle opere all’interno del museo avviene per piani (dal piano zero al terzo piano), nell’ala destra del museo al piano zero si trovano le collezioni speciali, al primo piano le opere datate 1700-1800, al secondo piano le opere datate 1600-1650, al terzo piano le opere datate 1950-2000; mentre nell’ ala sinistra del museo al Piano zero si trovano le opere datate 1100-1600, al primo quelle dal 1800 al 1900, al secondo dal 1650 al 1700 al terzo dal 1900 al 1950. 

La struttura senza una mappa può risultare complessa ai visitatori, soprattutto se turisti, tuttavia all’interno del museo vi sono numerose mappe e traduzioni in lingua inglese con cui vi si può orientare. 

Rispetto al maestoso stile che si presenta sulla facciata del museo, all’interno è rimodernato (grazie alla ristrutturazione del 2003), anche se si comprende l’intento di voler mantenere un ambiente  culturale tradizionale nel quale la sistematizzazione delle opere ripercorra la storia dell’arte dei Paesi Bassi. 

Le opere sono adeguatamente illuminate e le sale sono ampie, i colori che vengono utilizzati per le pareti non fanno contrasto con la luminosità né dell’ambiente né dei quadri ma anzi la esaltano particolarmente. 

La struttura presenta dei percorsi guidati, audio guide e percorsi interattivi, oltre che aiuti per persone con disabilità e ipovedenti.