1953（昭和28）年11月に京都学芸大学（現京都教育大学）高原分教場の施設の一部を共同利用して試験研究が始まりました。1960（昭和35）年7月に土地建物が本学に移管され、京都大学高原畜産試験地として畜産学の教育・研究の場としての活用を開始し、1974（昭和49）年4月に農学部附属牧場となり、1998（平成10）年4月に農学研究科附属牧場に改組して現在に至っています。
1944年6月～1945年8月終戦まで
現在の附属牧場敷地は舞鶴海軍部隊の野外演習場であった
1953年
11月
京都学芸大学（現京都教育大学）の高原分教場であった現在地で、当時の京都大学農学部畜産学教室が共同利用を開始
1960年
7月
全施設が京都大学に移管され京都大学高原畜産試験地設置
1974年
4月
牧場官制化により、京都大学農学部附属牧場 となる
1979年
第1期新営工事により管理宿泊施設棟、繁殖育成牛舎等を整備
1981年
第2期新営工事により枝肉解体施設棟、肥育牛舎、大農具舎、中小家畜等、正門および主要構内舗装道路を整備
1990年
繁殖牛舎に育成牛舎を付設
1998年
4月
大学院重点化に伴い、京都大学大学院農学研究科附属牧場 となる
2008年
繁殖牛舎、肥育牛舎のパドック側屋根拡張
2009年
繋養牛がすべて黒毛和種となる
2017年
「京都肉」ブランドに参画
2022年
京大独自ブランド「京大紅牛（くれなゐビーフ）」を設立