Biji koko Malaysia memiliki beberapa keunikan tersendiri yang membezakannya daripada biji koko negara lain, baik dari segi kualiti, pemprosesan, dan citarasa. Biji koko Malaysia dikenali mempunyai profil rasa yang kaya, aroma, dan manis buah semula jadi (fruity). Sesetengah pengusaha tempatan menghasilkan coklat single-origin menggunakan biji koko tempatan untuk mengekalkan keunikan rasa asal Malaysia. Biji koko Malaysia juga sesuai untuk penghasilan coklat artisan atau gourmet.