Els éssers vius es classifiquen en funció de les semblances i són aquestes les que demostren que aquests organismes tenen una història evolutiva comuna.

Els animals que s'assemblen viuen molt a prop, i ara alguns estan distribuïdes en illes molt properes per motius de les plaques tectòniques o bé per l'alçament del nivell del mar.

En estudiar els fòssils s'observa que els éssers vius que han habilitat la Terra han canviat i que algunes espècies han estat substituïdes per unes altres. Un dels exemples més famosos és el registre fòssil del cavall, que permet seguir els canvis anatòmics.

Es tracta de comparar òrgans entre diferents espècies, es divideixen entre:

Òrgans homòlegs: Posseeixen el mateix origen embriològic i estructura interna, però amb formes i funcions diferents.

Òrgans anàlegs: Diferent origen embriològic i estructura interna però amb la mateixa funció

S’han descobert similituds entre els embrions de diferents tipus d’éssers vius, això s’explica millor acceptant que tenen avantpassats comuns. Haeckel va dir que l’ontogènia o desenvolupament embrionari és una recapitulació curta de la filogènia o seqüència d’espècies antecessores.

Es tracta de comparacions de les molècules dels diferents organismes, s'havien trobat semblances morfològicament, a més a més la coincidència entre les biomolècules que el formen.

La majoria de manera de comparar és en seqüència de nucleòtids ADN.