Curso de Processamento

Organizamos um curso de Processamento de Imagem do Programa de Pós-graduação em Ciências Morfológicas do Instituto de Ciências Biomédicas da UFRJ e do Colégio Brasileiro de Altos Estudos da UFRJ como parte da Cátedra Carlos Chagas Filho de Fronteiras da Biologia e da Medicina.

Discutimos as bases conceituais da imagem digital (bidimensional, tridimensional e/ou dinâmica): aspectos como resolução, profundidade de cor, etc. A partir das definições, e usando exemplos dos próprios alunos, usamos o programa freeware ImageJ para analisar parâmetros quantitativos da imagem, como histograma e perfil de linha. Depois demonstramos como procedimentos podem retirar informação da imagem, identificando e quantificando objetos. O processamento das imagens inclui alterações ponto-a-ponto  (contraste, brilho, gama) e imagem-a-imagem (convoluções, FFT). Finalmente, falamos de automação e desenvolvimento de macros.

O curso começou, na aula de abertura, com um panorama geral do que é possível se fazer com processamento de imagem, seguido de várias aulas aonde serão discutidos desde aspectos básicos até programação. No último dia, tivemos uma mesa-redonda com outros pesquisadores que trabalham com processamento de imagem falando sobre sua experiência: os professores Marcelo Lamers (USP), João Menezes (UFRJ) e Ubirajara Batista (UFMG).

Disciplina BMM 711 - Aquisição e Processamento Digital de Imagem Biológica (3 créditos – 45 horas) - Prof. Resp.: Manoel Luis Costa, Programa de Pós Graduação em Ciências Morfológicas da UFRJ

Ementa: Teoria básica da imagem e computação, e as principais técnicas de geração de imagem biológica, baseada no programa ImageJ  (https://imagej.nih.gov/ij/download.html). Análise (perfil, histograma) e quantificação (calibração, escala); identificação e isolamento de objetos. Processamento: operações ponto-a-ponto com imagens (contraste, brilho, gamma) e imagem-a-imagem (convoluções, FFT). Pilhas de imagens: tempo e 3ª dimensão. Plugins, programação.

Bibliografia: The Image Processing Handbook - John C. Russ, CRC Press. Video Microscopy - Shenya Inoué, Plenum Press. ImageJ User Guide - Tiago Ferreira, Wayne Husband (https://imagej.nih.gov/ij/docs/guide/user-guide.pdf).

Calendário: 

1) aula inaugural na abertura do 3º Simpósio Brasileiro de Biologia Muscular (10/5 de 14 a 16 horas), depois 

2) 8 aulas de 15 a 17 horas: 16, 18, 23, 25, 30 de maio e 1, 6 e 13 de junho, terminando com 

3) uma Mesa Redonda sobre ImageJ/processamento de 18 a 20 horas 15/6. 

Todas as atividades aconteceram pelo Zoom. O link para a videoconferência Zoom é: https://us02web.zoom.us/j/86204031656