IPA pada Fase D diajarkan secara terpadu (Fisika, Biologi, dan Kimia).

Ada dua elemen utama dalam pendidikan IPA, yakni pemahaman IPA  dan  keterampilan  proses.  Dalam  melaksanakan pembelajaran,  elemen  keterampilan  proses  adalah  cara  yang dilakukan  untuk  memperoleh  pemahaman  IPA  sehingga  kedua elemen  ini  disampaikan  dalam  satu  kesatuan  yang  utuh  dan tidak diturunkan menjadi tujuan pembelajaran terpisah.