nii.gz 解壓縮成 nii 檔

每個 subject 的資料夾都要有一個 anat 資料夾內放一個 [ 結構.nii ] 檔；與一個 func，內有 run1, run2...，每個run內放一個 [ 功能.nii ] 檔

如圖所示擺放，並將 gz 解壓縮成 nii。可以自己手動解壓縮，但資料多時建議使用 code 避免人工失誤。

執行preprojobs

確定 MATLAB 的 tool box 有加入spm12(or spm8)與neuroelf

在 MATLAB 輸入以下指令

>> ne = neuroelf;

>> ne.spmx_preprojobs;

1. 點 [Subject folder pattern] 找到subject的資料夾 

2. [anat*/*] 改成 [anat\]、[ fun*/run*] 改成 [func\run*] 、[ *img, *nii] 改成 [*nii] (注意斜線方向與不要留空格) 、DTI不需要，如圖參考。點右上 [Search] 中間框框將顯示找到的資料

3. 檢查Search的資料是否正確，下方TR與resolution須根據實驗的參數修改，其餘保持default即可。

4. 點擊 [Create and run jobs...]

觀影確認前處理結果檔無誤

完成後每個run都會有三個檔案，分別為: [.fq]、[.vtc] 及 [.rtv]。建議在進入分析前先確認過 [.vtc] 是否沒問題。

打開 neuroelf  > [ file ] > [ Open... ] > 選擇要確認的vtc檔

觀察右下的時間序列圖，有時資料會像藍框中的圖，約前10秒有嚴重雜訊干擾 ( 訊號相較其他時間特別大 )。此時可能會需要用到 AFNI 的 3dTcat 做資料剪輯去除極端訊號。

若是像綠框中的圖則是一個正常的 vtc 資料。