腸内細菌叢解析のいろは（Inoue 2019）：簡単な解説

Microbiota Analysis in R (Mim Dill-McFarland 2017)

nMDS:

stress value ... 高い場合（eg. >0.3）、次元圧縮が不十分なので3D（k=3）を検討する

isoMDS（MASS）

metaMDS（vegan）

R

UniFrac: 

ref. Microbiota Analysis in R (Mim Dill-McFarland 2017)

Making phylogenetic distance

@ARB: 

/Tree/Build_tree_from_sequence_data/Distance_matrix_methods/Phylip Distance Matrix

→ save the file from text editor

Import distance matrix into R

phyloseq package

install: ref. rdrr.io