DATA bases
Useful links
https://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/blog/2023/04/05/バクテリア16s-rrnaデータベースの比較検証/
☞ explore the microbiome of the world
https://mdevel.microbeatlas.org/index.html?action=samples
さて、Campylobacter jujuniはどこにいるのか？について、少し考えてみました。
データベースには多数の塩基配列が登録されているのでそこから分布に関する情報を探すのも、分布の現状を知る手がかりになるかなと思ったわけです。
BLAST検索とメタゲノムデータベース（ProkAtlas：http://prokatlas.bs.s.u-tokyo.ac.jp/）検索を行ったのですが、結論から言うと、C. jujuniと高い相同性（97%以上）を示す配列はほとんど環境からは見つかりませんでした。92%以上程度であれば様々な環境から見つかっています。この辺り、どのように考えるのが良いのですかね。
近年では、環境中の16S rRNA遺伝子配列分析からCampylobacterに近い配列が得られているとの論文（Guo et al 2022）もありますが、これらはC.jujuniとは相同性が低い配列のようです。
ProkAtlasの結果と論文を添付しておきます。
一番多いのはaquifer（帯水層）とありますが、地下水、井戸水などですかね。。。